บทบาทหลักสองประการของกระบวนการย่อยอาหารคือการดูดซึมและหลั่ง บทบาทของการดูดซึมในระบบย่อยอาหารมีความสำคัญต่อร่างกายเพราะหากขาดวิตามินเกลือแร่คาร์โบไฮเดรตและสารอาหารอื่น ๆ ที่เราบริโภคเข้าไป การดูดซึมเป็นกระบวนการที่สารอาหารในอาหารถูกส่งผ่านไปยังเลือด การดูดซึมส่วนใหญ่เกิดขึ้นในลำไส้เล็กซึ่งเป็นอวัยวะหลักของทางเดินอาหาร
หลังจากอาหารผ่านกระเพาะอาหารไปยังลำไส้เล็กก็จะกลายเป็นพลังงานสำหรับร่างกายที่จะใช้ การดูดซึมเกิดขึ้นได้โดย villi ส่วนที่ยื่นออกมาเหมือนขนแปรงเล็ก ๆ ในเยื่อเมือก เยื่อเมือกนั้นเป็นเนื้อเยื่อที่ชุ่มชื้นซับในบางส่วนของทางเดินและอวัยวะของร่างกาย villi ทำหน้าที่เป็นช่องทางที่สารอาหารที่ได้จากอาหารที่ผ่านการย่อยสามารถผ่านเข้าสู่กระแสเลือดและนำไปยังส่วนอื่น ๆ ของร่างกาย กระบวนการดูดซึมที่เกิดขึ้นจริงนั้นแตกต่างกันเล็กน้อยสำหรับสารอาหารแต่ละประเภท
การดูดซึมส่วนใหญ่ในระบบย่อยอาหารเกิดขึ้นในลำไส้เล็กส่วนต้นและ jejeunum ส่วนเฉพาะของลำไส้เล็กซึ่งอยู่ประมาณสองในสามของทางลงจากทางเข้า คาร์โบไฮเดรตไขมันและโปรตีนจะถูกย่อยและดูดซึมและร่างกายจะเห็นว่ามันได้รับประโยชน์สูงสุดจากแต่ละอย่าง เอนไซม์ย่อยอาหารที่พบในลำไส้เล็กมีหน้าที่ทำลายและแปลงอาหารบางชนิดให้เป็นพลังงานที่ใช้ประโยชน์ได้ บุคคลบางคนขาดเอนไซม์เฉพาะซึ่งส่งผลให้ไม่สามารถย่อยสารอาหารบางอย่างได้ การไม่สามารถย่อยหรือเปลี่ยนอาหารบางประเภทให้เป็นพลังงานที่ใช้งานได้หมายความว่าสารอาหารเหล่านั้นจะไม่ถูกดูดซึม แต่อยู่ในระบบย่อยอาหาร
ในขณะที่การดูดซึมส่วนใหญ่เกิดขึ้นในลำไส้เล็กการดูดซึมก็สำคัญต่อลำไส้ใหญ่เช่นกัน สารอาหารที่ไม่ผ่านการย่อยและไม่เป็นประโยชน์จากอาหารที่ไม่ถูกดูดซึมในลำไส้เล็กผ่านไปยังลำไส้ใหญ่ อวัยวะดูดซับน้ำและโซเดียมและผ่านกระบวนการแลกเปลี่ยนเปลี่ยนสารอาหารที่ไม่ได้ย่อยและไม่ต้องการเป็นของเสียซึ่งถูกหลั่งออกมาเป็นอุจจาระ
อุจจาระส่วนใหญ่เป็นน้ำส่วนใหญ่ประกอบด้วยแบคทีเรียและสสารไม่ได้แยกแยะ เมือกคือสิ่งที่ทำหน้าที่เป็นสารยึดเกาะน้ำดีทำให้อุจจาระ“ แข็ง” ประกอบด้วยส่วนประกอบที่เป็นของแข็ง การรบกวนของเมือกส่วนเกินแบคทีเรียอาหารที่ไม่ได้แยกแยะและไม่ได้ดูดซับคือสิ่งที่เปลี่ยนแปลงองค์ประกอบของการเคลื่อนไหวของลำไส้จากปกติเป็นผิดปกติซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้ว่ามีไวรัสแบคทีเรียที่เกิดจากอาหารหรือปัญหาทางเดินอาหาร หากร่างกายรบกวนการดูดซึมในระบบทางเดินอาหารอาการอื่นอาจเกิดขึ้นรวมถึงตะคริวที่ท้องคลื่นไส้อาหารไม่ย่อยและการขาดวิตามิน
