สัตว์ขนาดเล็กนั้นมีความน่าสนใจในความหลากหลายและพบได้รอบตัวเราในน้ำดินอาหารและในร่างกายของเรา การสังเกตสัตว์ด้วยกล้องจุลทรรศน์นั้นเกี่ยวข้องกับการรู้ว่าจะมองหาพวกมันได้ที่ไหนและกำลังขยายบางอย่างเพื่อให้มองเห็นได้ชัดเจน โดยปกติต้องใช้กล้องจุลทรรศน์แม้ว่าในบางกรณีเลนส์มือที่ทรงพลังสามารถเปิดเผยได้ค่อนข้างมาก
หนึ่งในสถานที่ที่ดีที่สุดในการมองหาสัตว์ด้วยกล้องจุลทรรศน์คือบ่อน้ำจืดที่ไม่มีมลภาวะ ด้วยการเก็บตัวอย่างจากส่วนต่าง ๆ ของสระน้ำสามารถมองเห็นผู้อยู่อาศัยด้วยกล้องจุลทรรศน์ได้อย่างหลากหลาย จุลินทรีย์ต้องการแหล่งอาหารดังนั้นแทนที่จะเป็นแหล่งน้ำที่เปิดโล่งสถานที่ที่ดีที่สุดในการดูคือที่ด้านล่างของบ่อท่ามกลางกรวดดินโคลนและเศษซากเช่นใบไม้ที่เน่าเปื่อยและในพืชพรรณเช่นพืชน้ำและสาหร่าย มันเป็นความคิดที่ดีที่จะเก็บตัวอย่างจากทั้งพื้นที่ที่มีแดดและร่มเงา ขวดหรือบีกเกอร์ที่ติดกับแท่งยาวนั้นมีประโยชน์สำหรับการไปถึงที่ ๆ ไม่สะดวก
วิธีที่สะดวกมากในการสังเกตสัตว์ด้วยกล้องจุลทรรศน์ที่บ้านหรือในห้องปฏิบัติการคือการทำให้หญ้าแห้ง ภาชนะที่เหมาะสมเช่นโถแยมจะเต็มไปด้วยน้ำในบ่อจากนั้นเพิ่มหญ้าแห้งหรือหญ้าแห้งจำนวนเล็กน้อย มันถูกทิ้งให้ยืนอยู่ในที่ที่มีแสงสว่างเพียงพอและในวันและสัปดาห์ถัดไปจุลินทรีย์หลากหลายชนิดจะปรากฏขึ้น สิ่งเหล่านี้สามารถสังเกตได้โดยการเก็บตัวอย่างน้ำโดยใช้ปิเปตและดูตัวอย่างผ่านกล้องจุลทรรศน์ ตัวอย่างจากสถานที่ต่าง ๆ - ใกล้ผิวน้ำที่ด้านล่างและรอบ ๆ ฟางแห้งจะเผยให้เห็นสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกัน
ในบรรดาสิ่งมีชีวิตด้วยกล้องจุลทรรศน์หลายชนิดที่สามารถพบได้ในน้ำในบ่อหรือการฉีดน้ำในหญ้าแห้งคือโปรโตซัวโรติเฟอร์แดฟเนียและทาร์ดิจาด - เป็นที่รู้จักกันว่าเป็นหมีน้ำ โปรโตซัวเป็นสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวที่มักจะว่ายน้ำฟรี พูดอย่างเคร่งครัดพวกเขาไม่ได้จัดว่าเป็นสัตว์ที่แท้จริง แต่พวกเขาสามารถเคลื่อนไหวได้อย่างอิสระและมักถูกมองว่าเป็นเช่นนี้ โรติเฟอร์แม้ว่าส่วนใหญ่จะมีขนาดใกล้เคียงกับโปรโตซัวเป็นสัตว์หลายเซลล์และมีโครงสร้างภายในที่มองเห็นได้ชัดเจน Tardigrades พบได้ในเกือบทุกสภาพแวดล้อมที่มีน้ำถึงแม้ว่าจะเป็นระยะ ๆ และมีขาสี่คู่ Daphnia หรือหมัดน้ำเป็นสิ่งมีชีวิตในน้ำที่ค่อนข้างซับซ้อนโดยมีอวัยวะภายในที่สามารถมองเห็นได้ดวงตาประสมและระบบไหลเวียนโลหิต
แหล่งที่มาที่ดีอื่น ๆ ของสัตว์กล้องจุลทรรศน์คือดินและมอส สิ่งเหล่านี้มีโปรโตซัวและโรติเฟอร์เป็นจำนวนมากรวมถึงไส้เดือนฝอยทาร์ดิกราดและอาร์โทรพอดเล็ก ๆ เช่นไรซึ่งแม้จะมองเห็นได้ด้วยตาเปล่าต้องใช้กำลังขยายในรายละเอียด แม้แต่แอ่งน้ำที่แห้งแล้งและสถานที่อื่น ๆ ที่ดูเหมือนไม่น่าจะสามารถเก็บสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กที่น่าสนใจได้ จุลินทรีย์จำนวนมากสามารถเข้าสู่สถานะที่ไม่อยู่นิ่งเพื่อให้อยู่รอดในสภาพที่ไม่เอื้ออำนวย บ่อยครั้งที่การเติมน้ำ - น้ำฝนแทนที่จะเป็นน้ำประปา - ในตัวอย่างแห้งและทิ้งไว้สองสามวันจะเผยให้เห็นสัตว์ที่มีกล้องจุลทรรศน์จำนวนมาก
ควรเก็บตัวอย่างน้ำในบ่อเลี้ยงและหญ้าแห้งในพื้นที่ที่มีแสงสว่างเพียงพอและให้ออกซิเจนทุกวันโดยการเป่าอากาศลงในปิเปต หากต้องเติมน้ำควรใช้น้ำฝนหรือน้ำในบ่อเลี้ยง ปกติน้ำประปาจะมีร่องรอยของคลอรีนซึ่งอาจเป็นอันตรายต่อจุลินทรีย์
สำหรับการดูด้วยกล้องจุลทรรศน์ลองใช้ตัวอย่างเล็ก ๆ โดยใช้ปิเปตแล้ววางลงบนสไลด์กล้องจุลทรรศน์ วางแผ่นปิดทับมันด้วยการวางลงบนมุมเพื่อหลีกเลี่ยงการดักฟองอากาศ กล้องจุลทรรศน์จะมีเลนส์ใกล้วัตถุสามหรือสี่เลนส์ที่ให้กำลังขยายที่แตกต่างกันเช่น 30, 100, 200 และ 400 เท่า เป็นการดีที่สุดที่จะเริ่มต้นด้วยกำลังขยายต่ำสุดจากนั้นซูมเข้าที่บริเวณที่สนใจ
สัตว์ขนาดใหญ่ที่มีขนาดใหญ่เช่นไรสามารถดูได้ดีที่สุดเมื่อใช้กำลังขยายต่ำกว่า โปรโตซัวและโรติเฟอร์สามารถดูได้ในรายละเอียดที่กำลังขยาย 100-200 เท่า เนื่องจากจุลินทรีย์เหล่านี้ส่วนใหญ่มีความโปร่งใสจึงสามารถเห็นรายละเอียดภายในได้ดีที่สุดโดยการปรับไดอะแฟรมบนกล้องจุลทรรศน์เพื่อเพิ่มความคมชัดสูงสุด
