วิธีปืนลูกซองใช้ในการเรียงลำดับเส้นยาวของโมเลกุลกรด (DNA) deoxyribonucleic มันขึ้นอยู่กับวิธีอื่นในการหาลำดับดีเอ็นเอที่เรียกว่าวิธีการเลิกห่วงโซ่ ด้วยวิธีปืนลูกซองนักวิทยาศาสตร์จะจัดลำดับส่วนของเกลียวดีเอ็นเอและใช้ผลลัพธ์เพื่อสร้างลำดับอย่างต่อเนื่อง
การจัดลำดับคือกระบวนการค้นหาองค์ประกอบอะตอมของโมเลกุลและตรวจสอบพันธะเคมีที่รวมอะตอมเหล่านั้น ใน DNA การหาลำดับจะใช้ในการหาลำดับการเกิดโมเลกุลบางอย่าง โมเลกุลเหล่านี้เรียกว่านิวคลีโอไทด์ ฐานนิวคลีโอไทด์ทั้งสี่คืออะดีนีนกัวนีนไซโตซีนและไทมีน
วิธีหนึ่งในการหาลำดับดีเอ็นเอที่มีความยาวโดยใช้วิธีปืนลูกซอง ในวิธีนี้ DNA จะแตกออกเป็นชิ้นส่วนแบบสุ่ม จากนั้นส่วนที่เป็นผลลัพธ์จะถูกจัดลำดับโดยใช้วิธีที่เรียกว่าวิธีการเลิกจ้างแบบลูกโซ่ การยุติลูกโซ่เป็นวิธีการเลือกลำดับดีเอ็นเอสั้น ๆ มันใช้สารเคมีรุนแรงและปริมาณกัมมันตภาพรังสีต่ำกว่าวิธีการเรียงลำดับแบบสั้นอื่น ๆ
ในวิธีการเลิกห่วงโซ่สายเกลียวของดีเอ็นเอแบ่งออกเป็นสี่ปฏิกิริยาการเรียงลำดับ แต่ละอันประกอบด้วยนิวคลีโอไทด์ทั้งสี่และเอนไซม์ที่ทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่เรียกว่า DNA polymerase ไดอิออกซินนิวคลีโอไทด์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของนิวคลีโอไทด์ที่ขาดหายไปในลำดับน้ำตาลนั้นจะถูกเพิ่มเข้าไปในปฏิกิริยาการเรียงตัวแต่ละครั้ง หลังจากประมวลผลปฏิกิริยาเหล่านี้แล้วนักวิทยาศาสตร์ก็สามารถสร้างภาพและอ่านลำดับดีเอ็นเอได้
ระหว่างวิธีปืนลูกซองของการหาลำดับดีเอ็นเอสิ่งทั้งหมดนี้เกิดขึ้นหลายครั้งโดยใช้ชิ้นส่วนดีเอ็นเอแบบสุ่มที่แตกต่างกัน ส่งผลให้มีส่วนที่ซ้อนทับกันหลายส่วนของลำดับดีเอ็นเอ จากนั้นโปรแกรมคอมพิวเตอร์จะใช้ส่วนที่ทับซ้อนกันเพื่อสร้างลำดับดีเอ็นเอต่อเนื่อง
ปัญหาของวิธีปืนลูกซองก็คือ DNA นั้นซับซ้อนอย่างไม่น่าเชื่อ บ่อยครั้งที่มันมีลำดับซ้ำ ๆ ที่มีลักษณะเหมือนกัน แต่เกิดจากส่วนต่าง ๆ ของ DNA DNA ของมนุษย์ที่สมบูรณ์ที่เรียกว่าจีโนมมนุษย์นั้นมีคู่เบสมากกว่าสามพันล้านคู่ วิธีเดียวที่จะตรวจสอบให้แน่ใจว่าการวางตำแหน่งของลำดับวนซ้ำนั้นถูกต้องคือการอ่านแบบสุ่มมากขึ้นเพื่อให้แต่ละส่วนเรียงลำดับหลายครั้ง แม้ว่าจะมีข้อผิดพลาดเกิดขึ้น
วิธีการเรียงลำดับของปืนลูกซองนั้นมีความล้ำสมัยของการหาลำดับดีเอ็นเอจนกระทั่งประมาณปี 2005 ตั้งแต่นั้นมานักวิทยาศาสตร์ได้สร้างการหาลำดับถัดไปซึ่งทำงานได้เร็วกว่ามาก ความแม่นยำของการอ่านส่วนบุคคลนั้นน้อยกว่าการจัดลำดับปืนลูกซอง แต่นักวิทยาศาสตร์ได้รับการชดเชยด้วยสิ่งนี้โดยสามารถอ่านได้มากขึ้นในเวลาน้อยลง
