ร่างกายมนุษย์ที่เป็นผู้ใหญ่โดยเฉลี่ยมีเซลล์ประมาณ 13 13 เซลล์ซึ่งมีจำนวนมากกว่า 1600 เท่าของจำนวนมนุษย์บนโลก ประมาณว่าทุกเซลล์ในร่างกายมนุษย์มีประมาณสิบจุลินทรีย์ส่วนใหญ่แบคทีเรียในลำไส้ใหญ่ สิ่งนี้เป็นไปได้เนื่องจากปริมาตรของเซลล์แบคทีเรียทั่วไปอาจน้อยกว่า 1,000 เท่าของเซลล์ในร่างกาย
พร้อมกับฟลอร่าร่างกายแบคทีเรียทุกคนก็เป็นอาณานิคมโดยเชื้อรา (ส่วนใหญ่ยีสต์), protists และ archaea (ส่วนใหญ่ methanogens) แม้ว่าจะไม่ค่อยมีใครรู้เรื่องนี้เพราะขาดแคลนญาติกับแบคทีเรีย ในอาณาเขตของพืชร่างกายขนาดใหญ่เมื่อพบภายในร่างกายสิ่งเหล่านี้มักเป็นปรสิตที่เป็นอันตรายเช่นพยาธิตัวตืด อย่างไรก็ตามมนุษย์บางคนอาจมีพืชพันธ์ุขนาดมหึมาในผิวหนังหรือเส้นผมของพวกเขามักจะอยู่ในรูปแบบของไร นักวิทยาศาสตร์เชื่อว่าอาจมีไรไรมากถึงล้านชนิดในโลกปรับให้เข้ากับสภาพแวดล้อมที่เป็นไปได้ทุกอย่างรวมถึงร่างกาย
99% ของแบคทีเรียในลำไส้มาจาก 30-40 ชนิด จำพวกที่พบเห็นได้ทั่วไป ได้แก่ Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus และ Bifidobacterium พืชแบคทีเรียในร่างกายมักจะมีความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับโฮสต์ของพวกเขา แบคทีเรียช่วยย่อยคาร์โบไฮเดรตเชิงซ้อนที่ไม่สามารถย่อยได้เช่นนั้นส่งเสริมการเจริญเติบโตของเซลล์ลำไส้ยับยั้งจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคป้องกันการแพ้โรคลำไส้อักเสบและมีบทบาทสำคัญในระบบภูมิคุ้มกัน พืชและร่างกายที่ครอบครองนั้นได้รับการพัฒนาร่วมกันมานานนับสิบล้านปี
ประมาณ 60% ของมวลอุจจาระประกอบด้วยแบคทีเรีย แบคทีเรียบางตัวที่พบในอุจจาระสามารถทำให้เกิดโรคกับคนที่มาจากและกับคนรอบข้าง นี่เป็นส่วนหนึ่งของเหตุผลด้านสุขอนามัยที่ทันสมัย แบคทีเรียแพร่กระจายผ่านทางอุจจาระ ได้แก่ E. coli และ Vibrio cholerae แบคทีเรียที่เป็นสาเหตุของอหิวาตกโรค
