มีบางสิ่งที่ผู้คนควรจำไว้เพื่อให้สามารถดูตัวอย่างและสไลด์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบผสมได้อย่างถูกต้อง ขั้นแรกต้องดูแลตัวกล้องจุลทรรศน์อย่างถูกต้องเพื่อไม่ให้เลนส์และชิ้นส่วนที่เคลื่อนย้ายได้เสียหาย การเข้าใจว่ากล้องจุลทรรศน์ทำงานอย่างไรและรู้ว่าลูกบิดใดควบคุมส่วนใดของกล้องจุลทรรศน์ก็มีความสำคัญในการใช้กล้องจุลทรรศน์แบบผสมเพื่อให้ผู้ใช้สามารถปรับโฟกัสและสไลด์ได้อย่างไม่มีปัญหา
ขั้นตอนแรกในการใช้กล้องจุลทรรศน์แบบผสมที่เหมาะสมคือการตั้งกล้องจุลทรรศน์บนโต๊ะหรือเคาน์เตอร์ที่แข็งแรง หากโต๊ะสั่นสะเทือนขณะที่ผู้ใช้มองผ่านกล้องจุลทรรศน์สไลด์จะยากที่จะโฟกัสอย่างถูกต้อง เมื่อกล้องจุลทรรศน์อยู่ในตำแหน่งแล้วก็สามารถนำสไลด์ไปวางบนเวทีและใส่เลนส์เข้าไปได้ เมื่อตรวจสอบสไลด์ครั้งแรกเริ่มต้นได้ง่ายกว่าด้วยเลนส์ที่มีกำลังขยายต่ำที่สุดเพื่อให้ชิ้นงานสามารถอยู่กึ่งกลางก่อนที่จะใช้กำลังขยายที่สูงขึ้น
เคล็ดลับอีกประการสำหรับการใช้กล้องจุลทรรศน์คอมโพสิตคือการปรับแหล่งกำเนิดแสงถ้าเป็นไปได้เพื่อให้มีความสว่าง แต่ไม่สว่างจนทำให้ดวงตาของผู้ใช้เจ็บ ยิ่งแหล่งแสงสว่างมากเท่าไหร่ก็จะยิ่งสามารถดูภาพนิ่งได้ง่ายขึ้น มันเป็นความคิดที่ดีที่จะเข้ามาในลักษณะที่ทำให้ตาทั้งสองข้างเปิดออกเมื่อมองเข้าไปในกล้องจุลทรรศน์แบบผสมแม้ว่าจะมีเพียงหนึ่งชิ้นตาเท่านั้นที่จะทำให้ดวงตาไม่เครียด
เมื่อทำการโฟกัสด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบผสมควรทำการปรับโฟกัสแบบหยาบก่อนการปรับแบบละเอียด การโฟกัสหยาบจะเลื่อนขั้นขึ้นและลงในปริมาณที่มากในขณะที่การปรับโฟกัสจะขยับเล็กน้อยเท่านั้น เมื่อปรับความสูงของเวทีผู้ใช้ควรระวังไม่ให้สไลด์สัมผัสกับเลนส์ ในการใช้กล้องจุลทรรศน์แบบผสมตัวอย่างจะถูกนำไปโฟกัสที่กำลังขยายต่ำสุดและก่อนที่จะใช้กำลังขยายที่สูงขึ้น
การรู้ว่าแต่ละส่วนของกล้องจุลทรรศน์ทำอะไรก็สำคัญเช่นกันในการใช้กล้องจุลทรรศน์แบบผสม ผู้ใช้ที่รู้ว่าจะหาลูกบิดที่เน้นหยาบและละเอียดได้ด้วยความรู้สึกจะสามารถปรับเปลี่ยนได้โดยไม่สูญเสียการมองเห็นของชิ้นงานซึ่งเป็นทักษะที่สำคัญเมื่อสังเกตสิ่งมีชีวิตหรือสิ่งมีชีวิตเคลื่อนไหว นอกจากนี้ยังเป็นสิ่งสำคัญที่จะต้องเข้าใจถึงวิธีการเลื่อนสไลด์หากจำเป็นต้องปรับเนื่องจากภาพที่เห็นผ่านกล้องจุลทรรศน์นั้นมีทั้งแบบกลับด้านและกลับหัวลง
