มีความแตกต่างเล็กน้อยระหว่างสารประกอบกับกล้องจุลทรรศน์ที่ผ่า แม้ว่าเครื่องมือเหล่านี้จะใช้ในการขยายวัตถุที่วางอยู่บนเวทีของกล้องจุลทรรศน์ แต่ปริมาณการขยายที่สามารถบรรลุได้นั้นแตกต่างกันมากระหว่างอุปกรณ์ทั้งสองนี้ พวกเขายังสร้างในรูปแบบที่แตกต่างกันส่วนใหญ่เกี่ยวกับเลนส์วัตถุประสงค์และชิ้นส่วนตา
หนึ่งในความแตกต่างที่สำคัญระหว่างกล้องจุลทรรศน์แบบผสมและแบบผ่าคือการขยายที่สามารถทำได้ด้วยเครื่องมือเหล่านี้ กล้องจุลทรรศน์แบบผสมมักจะสามารถขยายวัตถุได้ 400 เท่าแม้ว่าจะไม่ใช่เรื่องแปลกที่จะหากล้องจุลทรรศน์แบบผสมที่สามารถขยายวัตถุได้ 1,000 เท่า ในทางกลับกันการแยกกล้องจุลทรรศน์มักจะขยายวัตถุเพียง 40 เท่าหรือน้อยกว่า
เหตุผลของความแตกต่างในกำลังขยายนี้ยังทำให้เกิดสารประกอบและแยกกล้องจุลทรรศน์ออกจากกัน โดยทั่วไปแล้วกล้องจุลทรรศน์แบบผสมจะใช้ในการดูสิ่งที่มีขนาดเล็กมากและค่อนข้างบางเช่นเซลล์ กล้องจุลทรรศน์ผ่าจะใช้เพื่อดูวัตถุขนาดใหญ่ที่มีระดับความลึกมากขึ้นเช่นละอองเกสรดอกไม้ ตามชื่อของพวกเขาหมายถึงการผ่ากล้องจุลทรรศน์มักใช้เพื่อผ่ารูปชีวิตขนาดเล็กเช่นแมลง
กล้องจุลทรรศน์แบบผสมและแบบผ่าก็ใช้เลนส์ที่แตกต่างกัน การผ่ากล้องจุลทรรศน์มักจะมีเลนส์ใกล้วัตถุเพียงชิ้นเดียวที่สามารถขยายวัตถุในระยะการขยายที่กำหนดเช่น 10 ถึง 30 หรือ 20 ถึง 40 เท่า มีเลนส์ใกล้วัตถุสามตัวในกล้องจุลทรรศน์แบบผสม: เลนส์หนึ่งที่ช่วยให้สามารถมองเห็นวัตถุที่มีกำลังขยายเท่ากันกับของกล้องจุลทรรศน์แบบผ่าหนึ่งอันที่กำลังขยายสูงสุดที่มักจะ 400 เท่าและหนึ่งในระหว่างนั้น วัตถุประสงค์ของกล้องจุลทรรศน์แบบผสมนั้นอยู่ใกล้กับเวทีมากกว่าที่อยู่ในกล้องจุลทรรศน์แบบผ่า ช่องว่างเพิ่มเติมระหว่างเวทีและวัตถุประสงค์ของกล้องจุลทรรศน์ที่ผ่าให้ห้องดูเพื่อจัดการเรื่องในขณะที่ตรวจสอบ
ความแตกต่างอีกประการระหว่างกล้องจุลทรรศน์แบบผสมและแบบผ่าคือกล้องจุลทรรศน์แบบผ่ามักทำด้วยสองชิ้นตาเพื่อให้ผู้ดูสามารถมองวัตถุด้วยตาทั้งสองข้างได้ ทำให้สามารถดูวัตถุได้ในสามมิติ ในทางกลับกันกล้องจุลทรรศน์มักจะทำด้วยเลนส์ตาเพียงชิ้นเดียว แม้ว่าจะมีกล้องจุลทรรศน์แบบผสมที่มีสองตา แต่พวกมันอนุญาตให้ผู้ดูเห็นชิ้นบาง ๆ ของวัตถุแม้ว่าจะเป็นสามมิติดังนั้นชิ้นส่วนตาเดียวก็มักจะเพียงพอ
