คลอรีนนั้นเป็นตัวช่วยชีวิตอย่างแท้จริง มีการเพิ่มแหล่งน้ำดื่มเป็นประจำทั่วโลกเพื่อให้ปลอดภัยสำหรับการบริโภคของมนุษย์และป้องกันโรคที่ในอดีตที่ผ่านมาฆ่าประชากรมนุษย์จำนวนมากในบางเมือง ยกตัวอย่างเช่นการเติมคลอรีนลงในน้ำดื่มของลอนดอนในช่วงกลางศตวรรษที่ 19 ได้ลดจำนวนของผู้ป่วยโรคไทฟอยด์อหิวาตกโรคและโรคบิดได้อย่างมีนัยสำคัญ ถึงแม้จะมีประโยชน์และชื่อเสียงในการช่วยชีวิต แต่ผลกระทบของคลอรีนอื่น ๆ ต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อมนั้นเป็นอันตรายต่อมนุษย์
คลอรีนสลายตัวในแหล่งน้ำและระบบบำบัดน้ำเสียเมื่อทำปฏิกิริยากับสารอินทรีย์ที่มีอยู่แล้ว ผลพลอยได้หลักของกระบวนการคลอรีนนี้เรียกว่าไตรฮาโลมีเทนซึ่งรวมถึงคลอโรฟอร์มในหมู่สารอื่น ๆ ไตรฮาโลมีเทนหรือที่เรียกว่า THMs นั้นมีความสัมพันธ์กับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของมะเร็งบางชนิดรวมถึงมะเร็งทวารหนักและกระเพาะปัสสาวะ เจ้าหน้าที่สาธารณสุขยังไม่ได้ตกลงกันว่าคลอรีนเป็นสารก่อมะเร็งหรือไม่
ในขณะที่ใครก็ตามที่เคยใช้เวลาในสระว่ายน้ำคลอรีนพบว่าผลกระทบของคลอรีนนั้นชัดเจนต่อเส้นผมและผิวหนังเนื่องจากสารเคมีทำให้พวกมันแห้ง นักว่ายน้ำบ่อยครั้งพบว่าสารเคมีทำให้ผิวหนังและตาระคายเคือง อีกทางเลือกหนึ่งสำหรับผลกระทบของคลอรีนในสระว่ายน้ำก็คือโอโซน แต่มันไม่ได้อยู่ได้นานเท่ากับคลอรีนและถือว่าเป็นทางเลือกที่มีราคาแพงและไม่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่าย
นอกจากนี้ยังมีผลกระทบที่รุนแรงของคลอรีนที่จะต้องพิจารณาเมื่อทำงานกับหรือรอบคลอรีน อาจเป็นอันตรายอย่างยิ่งต่อผู้ที่เป็นโรคหอบหืดและโรคปอดอื่น ๆ คลอรีนสามารถทำให้ดวงตาและผิวหนังระคายเคืองอย่างมีนัยสำคัญและอาจทำให้เกิดอาการไอและคอแห้ง
ก๊าซคลอรีนเป็นพิษ ในช่วงต้นศตวรรษที่ 19 กองทัพถูกใช้เป็นสงครามเคมี วันนี้มันรวมอยู่ในสารกำจัดศัตรูพืชการผลิตกระดาษและการรีไซเคิลกระดาษในพลาสติกและในการทำสารเคมีอื่น ๆ ในฐานะที่เป็นส่วนประกอบในน้ำยาฟอกขาวซักรีดมันขาวขึ้นและขจัดคราบสกปรกและยังสามารถทำความสะอาดเชื้อรา ในรูปของก๊าซเหลวมันสามารถทำให้เกิดอาการบวมเป็นน้ำเหลืองได้หากสัมผัสกับผิวหนัง มักจะได้รับคำเตือนเมื่อใช้คลอรีนเพราะถ้ารวมกับแอมโมเนียโดยบังเอิญผลลัพธ์อาจเป็นอันตรายถึงชีวิตสำหรับผู้ที่สูดดมก๊าซผสม
ควรหลีกเลี่ยงการสูดดมคลอรีน กลิ่นฉุนสูงของมันเป็นสัญญาณเตือนที่ดีในกรณีที่ได้รับจากอุบัติเหตุ นอกจากนี้ควรใช้ความระมัดระวังเมื่อคลอรีนถูกรวมกับสารอื่น ๆ เช่นน้ำมันสนเนื่องจากสารประกอบที่เกิดขึ้นนั้นเป็นวัตถุระเบิด
