ชิ้นส่วนของกล้องจุลทรรศน์อาจแตกต่างกันไปจากกล้องจุลทรรศน์ไปจนถึงกล้องจุลทรรศน์ อย่างไรก็ตามมีบางส่วนที่พบได้ทั่วไปในทุกกล้องจุลทรรศน์ ในการเริ่มต้นนั้นกล้องจุลทรรศน์ต้องใช้แสงที่ทรงพลังโดยเฉพาะอย่างยิ่งสิ่งที่ทำให้ภาพมีความเข้มมากขึ้นที่กำลังสูงสุด บางครั้งใช้กล้องจุลทรรศน์หลอดเพื่อให้บรรลุเป้าหมายของแสงที่เพิ่มขึ้นบางครั้งก็ใช้กระจกจะทำเคล็ดลับ หากกระจกเป็นส่วนหนึ่งของกล้องจุลทรรศน์ให้ใช้เพื่อสะท้อนแสงจากแหล่งภายนอกผ่านด้านล่างของเวที
เวทีเป็นแท่นแบนที่เก็บสไลด์ให้เข้ากับความช่วยเหลือของคลิปเวที บางครั้งกล้องจุลทรรศน์จะมีระยะกลไก ถ้าเป็นเช่นนั้นเวทีจะยกและลดระดับโดยการบิดหนึ่งลูกบิดแล้วเลื่อนไปทางซ้ายหรือขวาโดยใช้ปุ่มที่สอง มันจะมีประโยชน์ในการเคลื่อนย้ายเวทีจนกว่าชิ้นงานทดสอบจะอยู่เหนือแสงด้านล่างเวที รายการที่จะตรวจสอบผ่านกล้องจุลทรรศน์เรียกว่าชิ้นงาน
โดยทั่วไปมักจะมีเลนส์ใกล้วัตถุหลายชิ้นตั้งอยู่บนโนโวเทลที่หมุนได้ รูรับแสงหมุนเป็นหนึ่งในส่วนของกล้องจุลทรรศน์ที่สามารถถือเลนส์ใกล้วัตถุสอง, สาม, สี่ตัวหรือมากกว่านั้นให้หมุนเพื่อเพิ่มหรือลดพลังงาน โดยปกติแล้วชิ้นงานทดสอบจะใช้พลังงานต่ำที่สุด ตัวอย่างเช่นหากนักวิทยาศาสตร์เริ่มต้นด้วยการหาตัวอย่างด้วยกำลังขยาย 4X จากนั้นพลังงานสามารถเพิ่มขึ้นเป็น 10X, 40X หรือ 100X ตามต้องการ นอกจากนี้เลนส์ช่องมองภาพ - เลนส์ที่นักวิทยาศาสตร์มองผ่านที่ด้านบนของกล้องจุลทรรศน์ - สามารถขยายได้ 10 เท่า ดังนั้นชิ้นงานจึงสามารถดูได้ที่กำลังขยาย 100X, 400X หรือ 1000X เมื่อกำลังของเลนส์ช่องมองภาพและเลนส์ใกล้วัตถุถูกรวมเข้าด้วยกัน
ส่วนอื่น ๆ ของกล้องจุลทรรศน์รวมถึงปุ่มปรับหยาบและลูกบิดปรับละเอียด ปุ่มปรับหยาบจะทำการปรับขนาดใหญ่เพื่อให้ชิ้นงานเข้าสู่โฟกัส ปุ่มปรับละเอียดนั้นจะทำการปรับขนาดเล็กและควรเป็นปุ่มเดียวที่ใช้เมื่อใช้กำลังมากขึ้น
ส่วนอื่น ๆ ของกล้องจุลทรรศน์คือเลนส์คอนเดนเซอร์และไดอะแฟรมหรือม่านตา เลนส์คอนเดนเซอร์จะโฟกัสแสงไปยังชิ้นงานทดสอบ มันใช้งานได้ดีที่สุดหากใช้งานภายใต้พลังที่สูงกว่าเช่น 400X หรือสูงกว่าและจะทำให้ภาพคมชัดขึ้นมาก ไดอะแฟรมหรือม่านตาเป็นแพลตฟอร์มหมุนใต้เวที มีรูหลายขนาดและให้แสงส่องผ่านจำนวนมากได้ชิ้นงานที่หนาขึ้นต้องการแสงมากกว่าชิ้นงานที่บางกว่า
