กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอยังเป็นที่รู้จักกันในนาม stereomicroscopes, กล้องจุลทรรศน์ตรวจสอบและกล้องจุลทรรศน์ผ่า พวกมันมีลักษณะคล้ายกับกล้องจุลทรรศน์แบบสองตา แต่มีความแตกต่างที่สำคัญ กล้องจุลทรรศน์คอมโพสิตแบบสองตามีวัตถุประสงค์หนึ่งและคู่เลนส์ตาที่เข้าคู่กัน ปริซึมถูกใช้เพื่อแยกลำแสงออกจากภาพที่เกิดขึ้นตามวัตถุประสงค์กับตาแต่ละข้าง สิ่งนี้ไม่เหมือนกับกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอแม้ว่าจะมีสองตา
ความแตกต่างที่สำคัญในโครงสร้างระหว่างกล้องจุลทรรศน์สองตาประกอบกับกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอคือกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอไม่ได้มีเพียงสอง eyepieces แต่ยังมีวัตถุประสงค์สองประการ ด้วยเหตุนี้ผู้ชมที่ใช้กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอจะมองวัตถุจากมุมที่แตกต่างกันสองมุมทำให้วัตถุปรากฏในสามมิติ อย่างไรก็ตามกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอสองแบบที่แตกต่างกันคือแบบคงที่และแบบซูมยังคงมีความหลากหลายในการขยายและสามารถเปลี่ยนได้หรือไม่ บ่อยครั้งที่กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอมีพลังงานต่ำกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบผสม ไม่ว่าจะมีการแก้ไขหรือซูมขยายพวกเขามักจะขยายต่ำกว่า 100x อย่างไรก็ตามมีกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอชนิดหนึ่งที่มีการออกแบบแบบแยกส่วนช่วยให้ผู้ใช้ประกอบขาตั้งอุปกรณ์ให้แสงสว่างวัตถุประสงค์และช่องมองภาพที่เหมาะสมกับความต้องการ
มีความแตกต่างที่สำคัญอื่น ๆ ระหว่างกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอและกล้องจุลทรรศน์ผสมเช่นกัน กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอให้ผู้ดูได้ภาพที่ถูกต้องและตรงไปตรงมาเมื่อเทียบกับภาพที่กลับหัว - ขึ้นและลงที่กล้องจุลทรรศน์แบบผสม กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอยังมีระยะห่างที่มากขึ้นในกรณีส่วนใหญ่ระหว่างเวทีและวัตถุประสงค์เพื่อให้ชิ้นงานสามารถทำงานหรือผ่าในขณะที่กำลังดู นอกจากนี้ระบบเฟล็กซ์อาร์มยังสร้างกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอชนิดต่าง ๆ : หนึ่งในขั้นตอนนี้คือพื้นผิวใด ๆ ที่คุณชอบและมีพื้นที่การทำงานมากขึ้น ด้วยระบบนี้ฐานของกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอจะหายไปและส่วนบนของเลนส์ตาและวัตถุประสงค์จะติดตั้งบนแขนที่ยืดหยุ่นซึ่งสามารถยกขึ้นสูง 2.5 ฟุต (.762 เมตร) ระบบที่กำหนดเองสามารถออกแบบด้วยหัวกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอที่ติดตั้งบนขาตั้งแบบบูม
ความแตกต่างของกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอชนิดอื่นคือประเภทของไฟส่องสว่างที่ใช้เช่นไฟวงแหวน LED หลอดฟลูออเรสเซนต์หรือไฟเบอร์ออปติกไม่ว่าจะติดตั้งกล้องดิจิตอลและ / หรือความสามารถด้านวิดีโอหรือไม่ จอภาพวิดีโอ กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอชนิดต่าง ๆ ถูกสร้างขึ้นสำหรับผู้ใช้ตั้งแต่เด็กจนถึงมืออาชีพ ราคามีตั้งแต่น้อยกว่า $ 100 เหรียญสหรัฐ (USD) ถึงอย่างน้อย $ 14,000 USD ซึ่งเป็นกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอแบบซูมด้วยกล้องจุลทรรศน์ Leica M125 พร้อมหัวเอียงที่ออกแบบตามหลักสรีรศาสตร์ฐานแสงไฟเบอร์ออปติกแบบสว่างจ้า / darkfield และช่วงซูม 8 เท่า ถึง 100x
