โปรตีนแบคทีเรียเป็นโปรตีนซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงสร้างของแบคทีเรียหรือผลิตโดยแบคทีเรียเป็นส่วนหนึ่งของวงจรชีวิตของมัน โปรตีนเป็นส่วนสำคัญของสิ่งมีชีวิตและแบคทีเรียก็ไม่มีข้อยกเว้น ด้วยความจริงที่ว่าแบคทีเรียจำนวนมากนั้นสามารถเพาะเลี้ยงได้ง่ายในห้องปฏิบัติการการวิจัยเกี่ยวกับโปรตีนของแบคทีเรียได้ถูกดำเนินการโดยมีเป้าหมายเพื่อเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรตีนและหน้าที่เฉพาะของพวกเขา การทำความเข้าใจโปรตีนจากแบคทีเรียมีความสำคัญทั้งคู่เนื่องจากแบคทีเรียมีบทบาทอย่างมากต่อสุขภาพของมนุษย์และเนื่องจากข้อมูลสามารถคาดการณ์เพื่อรวบรวมข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิตขนาดใหญ่รวมถึงมนุษย์
โปรตีนนั้นเป็นสายโซ่ที่ยาวของกรดอะมิโน ธรรมชาติของโปรตีนถูกกำหนดโดยทั้งกรดอะมิโนโซ่และวิธีการที่โปรตีนถูกพับ โปรตีนถูกเข้ารหัสในยีนโดยมีโปรตีนบางชนิดถูกแสดงออกมาในขณะที่สิ่งมีชีวิตพัฒนาขึ้นโดยที่สิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ผลิตขึ้นโดยมีเป้าหมายเพื่อให้บรรลุภารกิจเฉพาะ รหัสพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตถือพิมพ์เขียวสำหรับโปรตีนจำนวนมาก
นอกจากจะเป็นโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์แล้วแบคทีเรียของโปรตีนยังมีความสามารถในการจับกับโปรตีนอื่น ๆ การเชื่อมโยงโปรตีนเกี่ยวข้องกับการก่อตัวของการเชื่อมโยงที่แข็งแกร่งมากระหว่างสองโปรตีนที่แตกต่างกัน เมื่อโปรตีนจับกันพวกมันสามารถกระตุ้นปฏิกิริยาซึ่งอาจแตกต่างจากการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันต่อการติดเชื้อไปจนถึงการโจมตีของโรค เมื่อเวลาผ่านไปแบคทีเรียจำนวนมากได้มีการพัฒนาเพื่อผลิตโปรตีนที่ตั้งเป้าหมายเฉพาะในเซลล์มนุษย์และสัตว์
โปรตีนจากแบคทีเรียเป็นที่สนใจของมนุษย์ด้วยเหตุผลหลายประการ การทำความเข้าใจว่าโปรตีนชนิดใดที่มีส่วนเกี่ยวข้องในโครงสร้างของแบคทีเรียชนิดใดชนิดหนึ่งสามารถช่วยนักวิจัยพัฒนายาที่สามารถระบุและกำหนดเป้าหมายโปรตีนแบคทีเรียชนิดใดชนิดหนึ่งได้ทำให้นักวิจัยสามารถสร้างยาต้านเชื้อแบคทีเรียซึ่งมีเป้าหมายเฉพาะสิ่งมีชีวิต การทำความเข้าใจโปรตีนแต่ละชนิดสามารถช่วยให้นักวิจัยตรวจสอบการกลายพันธุ์และติดตามวิธีการกลายพันธุ์เหล่านี้ที่เกิดขึ้นและวิธีการแก้ไข
แบคทีเรียบางชนิดผลิตโปรตีนที่มีผลเสียต่อร่างกายมนุษย์ โปรตีนจากแบคทีเรียอาจเป็นพิษทำให้เกิดการเจ็บป่วยหรือเสียชีวิตในสิ่งมีชีวิตซึ่งติดเชื้อจากแบคทีเรียและโปรตีนจากแบคทีเรียยังสามารถจับกับโปรตีนเฉพาะในร่างกายเพื่อทำให้เกิดอาการต่าง ๆ นักวิจัยสามารถใช้เวลาหลายปีเพื่อระบุโปรตีนทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับแบคทีเรียชนิดเดียวและกระบวนการนี้อาจซับซ้อนโดยการกลายพันธุ์อย่างรวดเร็วดังที่เห็นในกรณีของแบคทีเรีย Staphylococcus ที่เจ้าเล่ห์
