ฟลูออรีน เป็นส่วนหนึ่งของโมเลกุลที่รับผิดชอบในการสร้างการปล่อยเรืองแสงในสเปกตรัมแสงที่มองเห็นได้ รู้จักกันในนาม chromophores ความยาวคลื่นของแสงที่แตกต่างกันถูกดูดซับโดยฟลูออโรฟอร์สสร้างแสงที่มองเห็นได้ นี่เป็นพื้นที่ที่มีวงโคจรของอิเล็กตรอนโมเลกุลที่แตกต่างกันสองแห่ง แสงกระทบบริเวณนี้และกระตุ้นอิเล็กตรอนให้สร้างแสง ในกรณีของฟลูออโรฟอร์ทำให้เกิดการกระตุ้นของความยาวคลื่นที่มีพลังน้อยกว่า
โฟตอนถูกดูดกลืนโดยสเปกตรัมของฟลูออโรโฟร์ แต่แทนที่จะสร้างอัตราความตื่นเต้นที่สูงขึ้นภายในอิเล็กตรอนมันจะสร้างอัตราที่ต่ำกว่า สิ่งนี้ทำให้ภาพสว่างมักเกี่ยวข้องกับการเรืองแสง โดยพื้นฐานแล้วแสงที่สว่างขึ้นจะส่องสว่างน้อยลง นั่นคือเหตุผลที่สีเรืองแสงหลายชนิดถูกมองว่าดีที่สุดในแหล่งกำเนิดแสงเช่นแสงสีดำ
ฟลูออโรฟอร์สมีอยู่ตามธรรมชาติหรือได้รับการแนะนำโดยใช้วิธีการประดิษฐ์ ปลาและหินจำนวนมากรักษาระดับตามธรรมชาติของ chromophore นี้ อย่างไรก็ตามเป็นที่แพร่หลายมากที่สุดในชุมชนวิทยาศาสตร์เมื่อใช้สำหรับการวิจัย ช่วยในการวิเคราะห์คุณสมบัติบางอย่างของวัสดุทำให้นักวิจัยสามารถระบุปฏิกิริยาและการเปลี่ยนแปลงในด้านชีวเคมีและการศึกษาโปรตีน ตัวอย่างเช่นวินัยของอิมมูโนฟลูออเรสเซ็นต์ใช้เทคนิคเพื่อช่วยในการติดฉลากแอนติเจนและแอนติบอดีในระดับเซลล์ย่อย
ฟลูออโรฟอร์ที่ใช้กันมากที่สุดในการวิจัยคือฟลูออไรเซซิน isothiocyanate ซึ่งเป็นสารที่สามารถยึดติดทางเคมีกับโมเลกุล สิ่งนี้ทำให้นักวิทยาศาสตร์ได้เห็นภาพการเปลี่ยนแปลงของสารที่ไม่ใช่ฟลูออเรสเซนต์ ตัวอย่างอื่น ๆ ได้แก่ coumarin, cyanine และ rhodamine สารบางชนิดที่ใช้ฟลูออเรสเซนต์อาจมีผลกระทบต่อการวิจัยเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงของระดับ pH ในขณะที่การวิจัยดำเนินไปสีย้อมใหม่จะถูกพัฒนาขึ้นแต่ละชนิดมีการใช้งานที่แตกต่างกันทำให้สามารถเปลี่ยนแปลงโมเลกุลได้ง่ายขึ้น
นอกเหนือจากวิทยาศาสตร์บริสุทธิ์การดัดแปลงฟลูออโรฟอร์กลายเป็นวิธียอดนิยมในการทำการตลาดผลิตภัณฑ์แก่ผู้บริโภค หนึ่งในตัวอย่างหลักนี้คือ GloFish ™ zebrafish ดัดแปลงพันธุกรรมที่สามารถซื้อได้ในสีเรืองแสงสีแดงสีเขียวหรือสีส้ม ในปี 1999 นักวิทยาศาสตร์จากมหาวิทยาลัยแห่งชาติสิงคโปร์พยายามสร้างปลาที่สามารถตรวจจับมลพิษ ด้วยการรวมโปรตีนเรืองแสงสีเขียวของแมงกะพรุนเข้ากับสัตว์ Zebrafish ทำให้สัตว์มีการเรืองแสงที่สดใสโดยเฉพาะภายใต้แสงสีดำ ในไม่ช้ามันก็ถูกค้นพบว่าคุณสมบัติเพิ่มเติมจากแหล่งอื่น ๆ เช่นปะการังทะเลสามารถนำมาใช้ในการสร้างสีใหม่เปิดทางให้สัตว์เรืองแสงที่จะขายเป็นสัตว์เลี้ยง
