โปรตีนแอนติเจนคือโปรตีนที่สามารถกระตุ้นการผลิตแอนติบอดีจากระบบภูมิคุ้มกันและระบบภูมิคุ้มกันจะตอบสนองหากมีการระบุในร่างกาย แอนติเจนสามารถสร้างได้จากสารประกอบหลายชนิดโดยมีแอนติเจนของโปรตีนอยู่ในกลุ่มที่พบมากที่สุด แอนติเจนโปรตีนจำนวนมากได้รับการระบุโดยนักวิจัยที่มีความสนใจในระบบภูมิคุ้มกันและกระบวนการของโรคและแอนติเจนที่มีการใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยการวินิจฉัยและการรักษาพยาบาล
แอนติเจนโปรตีนภายนอกคือโปรตีนที่ผลิตนอกร่างกายโดยสิ่งมีชีวิตอื่น ตัวอย่างอาจเป็นโปรตีนที่สร้างโดยไวรัสที่ใครบางคนกินเข้าไป เมื่อระบบภูมิคุ้มกันมองเห็นโปรตีนนี้มันจะรับรู้ว่ามันเป็นสิ่งแปลกปลอมและกระตุ้นการผลิตแอนติบอดีที่สามารถเข้ามาโจมตีแอนตีเจน นี่เป็นหนึ่งในแนวป้องกันของร่างกายต่อตัวแทนของโรค
แอนติเจนของโปรตีนภายนอกนั้นผลิตขึ้นภายในร่างกาย พวกมันมักพบเห็นได้ทั่วไปในการตายของเซลล์ เซลล์ในร่างกายสามารถตั้งโปรแกรมเพื่อสร้างแอนติเจนเหล่านี้เพื่อให้ระบบภูมิคุ้มกันรู้ว่าเมื่อถึงเวลาที่จะต้องทำลายเซลล์และรีไซเคิลส่วนประกอบต่างๆ แอนติเจนของโปรตีนชนิดนี้ยังสามารถนำมาใช้โดยระบบภูมิคุ้มกันเพื่อแท็กเซลล์ที่ติดเชื้อเพื่อการทำลาย
โปรตีนแอนติเจนอีกประเภทหนึ่งคือ autoantigen Autoantigens เป็นสารที่พบได้ตามปกติในร่างกายและเป็นที่เข้าใจกันโดยทั่วไปว่าไม่เป็นอันตรายซึ่งร่างกายจะเริ่มระบุว่าเป็นแอนติเจน Autoantigens เกี่ยวข้องกับโรคภูมิต้านตนเองซึ่งร่างกายจะเริ่มโจมตีตัวเองเพราะการเขียนโปรแกรมของระบบภูมิคุ้มกันผิดปกติ ในกรณีนี้โปรตีนที่เป็นส่วนหนึ่งของร่างกายได้รับการตัดสินว่าเป็นอันตรายจากระบบภูมิคุ้มกันและระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายทำงานเพื่อกำจัดมันแม้ว่าสิ่งนี้อาจทำให้เกิดการบาดเจ็บต่อร่างกาย
การฉีดวัคซีนสามารถเกี่ยวข้องกับการแนะนำการควบคุมของแอนติเจนซึ่งมักจะเป็นโปรตีนแอนติเจนไปยังร่างกายเพื่อให้มันสามารถสร้างแอนติบอดี้โดยไม่ต้องเสี่ยงต่อการเกิดโรค แอนติเจนสามารถใช้ในการทดสอบ หากแพทย์สงสัยว่าผู้ป่วยมีไวรัสชนิดใดชนิดหนึ่งตัวอย่างเลือดสามารถแนะนำให้เลือกแอนติเจนเพื่อดูว่าแอนติเจนนั้นจับกับอะไร การระบุแอนติเจนนั้นมีความสำคัญต่อการตรวจเลือดเพื่อตรวจสอบว่ามีบางชนิดต้านทานต่อโรคหรือไม่หรือมีคนสัมผัสกับโรคหรือไม่
