แมสสเปกโตรมิเตอร์เป็นเครื่องมือที่มักใช้ในการวัดมวลของโมเลกุลซึ่งสามารถช่วยระบุสารประกอบในตัวอย่าง อนุภาคที่มีประจุเรียกว่าไอออนถูกปล่อยออกมาจากตัวอย่างและวิเคราะห์ เครื่องมือที่มีตัววิเคราะห์หลายตัวเรียกว่าสเกลสเปกโตรมิเตอร์แบบตีคู่ (MS / MS) โดยทั่วไปสามารถแยกส่วนโมเลกุลและไอออนมักใช้เพื่อระบุโปรตีนและสารอินทรีย์อื่น ๆ เครื่องมือนี้อาจรวมถึงสเปกโตรมิเตอร์ชนิดเดียวหรือรวมหลายชนิดเข้าด้วยกัน บางครั้งอาจมีการรวมสองสามหรือสี่เครื่อง
โมเลกุลหรือโปรตีนชนิดหนึ่งสามารถแยกได้โดยสนามแม่เหล็กในเครื่องสเปกโตรมิเตอร์แบบตีคู่ ตัววิเคราะห์แรกสามารถใช้เพื่อทำให้สิ่งนี้สำเร็จ ไอออนมักถูกทำให้เสถียรโดยเครื่องวิเคราะห์ที่สองก่อนที่โมเลกุลจะสัมผัสกับก๊าซ การชนในระดับโมเลกุลทำให้อนุภาคแตกเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อยซึ่งตรวจพบโดยเครื่องวิเคราะห์ตัวที่สาม ในขณะที่มีหลายวิธีในการแยกส่วนโมเลกุลบางครั้งสามารถใช้ตัววิเคราะห์ร่วมกับกับดักไอออน quadrupole ซึ่งจะส่งผลให้ไอออนไปยังสนามไฟฟ้าและนำพวกมันออกจากสนามคลื่นความถี่วิทยุ
เครื่องตรวจจับของเครื่องสเปกโตรมิเตอร์มวลตีคู่มักจะติดตามกิจกรรมไอออนิก จากนั้นสร้างสัญญาณที่ส่งไปยังระบบคอมพิวเตอร์ที่เก็บข้อมูล โดยทั่วไปแล้วพล็อตกราฟิกจะใช้เพื่อระบุสิ่งที่อยู่ในตัวอย่างและมวลโมเลกุลของสารแต่ละชนิดคืออะไร โครงเรื่องยังสามารถแสดงปริมาณของโมเลกุลหรือโปรตีนแต่ละชนิดในตัวอย่าง มีเครื่องตรวจจับหลายประเภทที่สามารถใช้ใน MS / MS ซึ่งรวมถึง photomultipliers ออกแบบมาเพื่อตรวจจับพลังงานแม่เหล็กไฟฟ้าหรือตัวคูณอิเล็กตรอนซึ่งเป็นหลอดสุญญากาศที่ชนอิเล็กตรอนเพื่อขยายกระแสไฟฟ้า
การทดลองประเภทต่างๆสามารถทำได้ด้วยเครื่องสเปกโตรมิเตอร์แบบตีคู่ โดยทั่วไปจะมีการตรวจสอบจำนวนมากโดยทั่วไปซึ่งการวิเคราะห์ครั้งแรกช่วยให้ชนิดของอนุภาคผ่านในขณะที่สองมองหาชิ้นส่วนเฉพาะ การตรวจสอบปฏิกิริยาหลายครั้งเกี่ยวข้องกับการติดตามชิ้นส่วนไอออนชนิดต่าง ๆ โดยเครื่องวิเคราะห์ที่สอง สิ่งเหล่านี้มักใช้ในการศึกษาด้านเภสัชศาสตร์ในขณะที่การทดลองการสแกนไอออนของสารตั้งต้นมักจะช่วยตรวจจับการสูญเสียไอออน
สเปกโตรมิเตอร์มวลตีคู่ยังสามารถใช้เป็นเครื่องมือในการคัดกรองเมแทบอลิซึม มันถูกใช้เพื่อค้นหาความผิดปกติของทารกแรกเกิดที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนที่เรียกว่ากรดอะมิโน สามารถตรวจพบเลือดไทรอยด์และเมตาบอลิกได้โดยการวิเคราะห์ตัวอย่างเลือดด้วย MS / MS ในห้องปฏิบัติการ
