Mass Spectrometer (MS) เป็นเครื่องมืออิเล็กทรอนิกส์ที่ใช้ในการระบุโครงสร้างทางเคมี ในกระบวนการสเปคโตรเมตริกมวลชนส่วนใหญ่โมเลกุลจะถูกทิ้งระเบิดด้วยไฟฟ้าทำให้เกิดการแตกตัวเป็นไอออนด้วยการแยกส่วน จากนั้นเศษชิ้นส่วนจะถูกเร่งด้วยสนามแม่เหล็กไปยังอุปกรณ์ตรวจจับและบันทึกผลซึ่งทำให้เกิดยอดเขาและความเข้มที่นักวิจัยสามารถศึกษาเป็น "โมเลกุลลายนิ้วมือ" ฟังก์ชั่นสเปกโตรมิเตอร์มวลอิเล็กโทรสเปรย์ (EMS) แตกต่างกัน - ไม่นำไปสู่การกระจายตัว สิ่งนี้ทำให้สิ่งมีค่าในการศึกษาสปีชีส์ขนาดใหญ่หรือ macromolecules
หากการยึดเกาะทางเคมีอย่างง่ายคือสิ่งที่จำเป็นต้องพิจารณาการใช้เครื่องสเปกโตรสโคปขนาดใหญ่อาจจะไม่จำเป็นต้องใช้ สำหรับโมเลกุลที่มีขนาดใหญ่กว่าเช่นเปปไทด์รูปร่างโมเลกุลและการพับโมเลกุลแม้กระทั่งการมีปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุลกับโมเลกุลรอบ ๆ นั้นสำคัญมาก ในกรณีเช่นนี้มันเป็นสิ่งสำคัญที่โมเลกุลยังคงไม่ได้แยกส่วน ความละเอียดอ่อนจำเป็นต้องมีการใช้เครื่องสเปกโตรมิเตอร์สเปคโตรมิเตอร์ซึ่งไม่จำเป็นต้องใช้อุณหภูมิสูงหรือสูญญากาศ
เมื่อใช้เครื่องสเปคโตรมิเตอร์มวลอิเล็กโตรสเปรย์ตัวอย่างโมเลกุลขนาดใหญ่จะถูกละลายในระบบตัวทำละลายซึ่งจะถูกฉีดครั้งต่อไปผ่านเข็มที่มีรูแคบลงในสนามไฟฟ้าแรงดันสูง ตัวทำละลายมากกว่าตัวถูกละลายจะได้รับการโจมตีอย่างหนัก เมื่อของเหลวมีประจุถึงระดับวิกฤตการแก้ปัญหาจะแยกออกเป็นหยดขนาดละอองอย่างรุนแรงการพุ่งของประจุทำให้เกิดการขับไล่กัน ในไม่ช้าละอองก็ระเหยออกไปวางประจุหลาย ๆ อันบนโมเลกุลที่ยังไม่บุบสลายซึ่งจะขยายไปสู่การผลักระหว่างโมเลกุล ในรัฐนี้โครงสร้างของพวกเขาแม้ในระดับสูงของความซับซ้อนอาจมีการศึกษาและกำหนด
สเปกตรัมโปรตีนที่สมบูรณ์ที่ประสบความสำเร็จเป็นครั้งแรกเกิดขึ้นในปี 1989 โดยนักวิจัยที่ Yale University ในรัฐคอนเนตทิคัต ความก้าวหน้าในเทคนิคการจัดส่ง EMS นั้นรวดเร็วและในปี 1996 แครอลโรบินสันนักเคมีตรวจพบยอดสเปกตรัมที่อาจเกี่ยวข้องไม่เพียงแค่โครงสร้างเดียว แต่มีความซับซ้อนของโปรตีนที่มีโคเอนไซม์ การปรับปรุงที่สำคัญอย่างหนึ่งตั้งแต่นั้นมาคือการมีเพศสัมพันธ์ของเครื่องสเปกโตรมิเตอร์แบบอิเล็กโตรสเปรย์พร้อมการวิเคราะห์แบบเวลาบิน การระบายความร้อนแบบ Collisional ใช้เวลาแม้กระทั่งการปรับปรุงอีกขั้นด้วยการลดการกระจายตัวของโครงสร้างอันยิ่งใหญ่ที่เกิดจากความร้อน
ความยากลำบากอย่างหนึ่งที่พบในการวัดค่าสเปกโตรมิเตอร์มวลอิเล็กโตรสเปรย์คือสิ่งที่แนะนำโดยธาตุไอโซโทป นี่เป็นเพราะยอดขึ้นอยู่กับอัตราส่วนมวลต่อประจุ มวลของชิ้นส่วนหรือโมเลกุลหารด้วยจำนวนของประจุที่ไม่ต่อเนื่องที่มันดำเนินการกำหนดตำแหน่ง ไอโซโทปธาตุที่แตกต่างกันนั้นมีมวลแตกต่างกันซึ่งอาจเป็นความแปรปรวนที่สำคัญที่สุดระหว่างคาร์บอน -12 กับคาร์บอน -13 ด้วยเหตุผลนี้ตัวอย่างของโมเลกุลที่ซับซ้อนควรเป็นโมโนไซโคคหากเป็นไปได้
