ภายในระบบย่อยอาหารมีเอนไซม์หลายชนิดที่ทำลายโมเลกุลอาหาร เอนไซม์เหล่านี้แต่ละตัวมีบทบาทที่แตกต่างกันและบางตัวทำหน้าที่เฉพาะในอวัยวะที่เฉพาะเจาะจงภายใต้เงื่อนไขเฉพาะ การย่อยส่วนใหญ่เกิดขึ้นภายในลำไส้เล็กด้วยเอนไซม์หลายชนิด การย่อยโปรตีนเป็นตัวอย่างของกระบวนการที่ซับซ้อนที่ดำเนินการในอวัยวะต่าง ๆ โดยกลุ่มของเอนไซม์ที่แตกต่างกัน Exopeptidases เป็นกลุ่มหนึ่งของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยโปรตีนที่สมบูรณ์
การย่อยของโมเลกุลโปรตีนนั้นมีความเฉพาะเจาะจงมากเนื่องจากเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องจะทำลายพันธะข้างกรดอะมิโนบางชนิดที่พบภายในห่วงโซ่เปปไทด์เท่านั้น เมื่อพันธะเปปไทด์ถูกสร้างขึ้นมันจะอยู่ระหว่างปลายอะมิโนของกรดอะมิโนตัวหนึ่งกับปลายคาร์บอกซิลของอีกตัวหนึ่งเสมอ เมื่อกำหนดลำดับกรดอะมิโนสำหรับโซ่เปปไทด์โดยเฉพาะหรือโปรตีนมักจะอ่านจากปลายอะมิโนปลายเทอร์มินัล N ไปจนถึงกรดอะมิโนสุดท้ายซึ่งมีคาร์บอกซิลอิสระหรือเทอร์มินัล C เริ่มแรกแม้ว่าโปรตีนจะถูกย่อยสลาย แต่มีกรดอะมิโนน้อยมาก
โปรตีนเป็นโมเลกุลขนาดใหญ่และการย่อยอาหารของพวกเขามีหลายขั้นตอนเริ่มต้นในกระเพาะอาหารโดยเพพซินหนึ่งในสามของ endopeptidases เมื่อโปรตีนที่ย่อยได้บางส่วนเคลื่อนที่จากกระเพาะอาหารไปยังลำไส้เล็ก endopeptidases อีกสองอันคือ trypsin และ chymotrypsin จะยังคงสลายโปรตีนต่อไป เอ็นไซม์ทั้งสามนี้จะแยกส่วนของเปปไทด์เส้นยาวที่ประกอบกันเป็นโปรตีนในความยาวที่แตกต่างกัน เอนโดเปปทิเดสจะถูกตั้งชื่ออย่างที่มันทำลายพันธะเปปไทด์ที่พบในโปรตีน
เพื่อให้กระบวนการย่อยอาหารเสร็จสมบูรณ์เพื่อผลิตกรดอะมิโนเดี่ยวจากห่วงโซ่โปรตีนจำเป็นต้องมีเอนไซม์ exopeptidase exopeptidase แต่ละอันจะทำลายพันธะระหว่างกรดอะมิโนสุดท้ายและส่วนที่เหลือของโซ่ มี exopeptidases ที่แตกต่างกันหลายตัวซึ่งแต่ละอันมีโหมดการกระทำที่เฉพาะเจาะจง ที่ซึ่งกรดอะมิโนถูกรวมเข้ากับส่วนที่เหลือของห่วงโซ่เปปไทด์และกรดอะมิโนที่รวมเข้าด้วยกันมีบทบาทในการพิจารณาว่า exopeptidase ตัวใดจะทำลายพันธะ
Carboxypeptidase เป็น exopeptidase ที่ทำลายพันธะระหว่างกรดอะมิโนตัวที่สองกับกรดอะมิโนตัวสุดท้ายที่ปลายขั้ว C อีก exopeptidase, aminopeptidase ดำเนินการเดียวกัน แต่ที่ปลายขั้ว n exopeptidases อื่น ๆ ที่เรียกว่า dipeptidases แยกกรดอะมิโนคู่หนึ่งโดยเฉพาะ ตัวอย่างหนึ่ง dipeptidase จะทำลายพันธะระหว่าง glycine ที่เชื่อมโยงกับ leucine Dipeptidase อีกอันจะทำหน้าที่เป็นพันธะเปปไทด์ระหว่างกรดอะมิโนไกลซีนสองชนิดที่เชื่อมโยงกันเท่านั้น
