นิเวศวิทยาทางน้ำเป็นสาขาหนึ่งของวิทยาศาสตร์ทางนิเวศวิทยาซึ่งเกี่ยวข้องกับการศึกษาระบบนิเวศทางน้ำ สาขานี้สามารถแบ่งออกเป็นสองแผนก: นิเวศวิทยาน้ำจืดและนิเวศวิทยาทางทะเล เนื่องจากส่วนใหญ่ของโลกปกคลุมไปด้วยน้ำการทำความเข้าใจระบบนิเวศทางน้ำเป็นสิ่งสำคัญมากโดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากน้ำมีความสำคัญต่อการอยู่รอดของทุกชีวิตบนโลก โลกจะเป็นสถานที่ที่แตกต่างกันมากและอาจไม่มีนักนิเวศวิทยารอบ ๆ เพื่อศึกษา
นิเวศวิทยาของน้ำจืดเกี่ยวข้องกับแม่น้ำทะเลสาบลำธารแหล่งน้ำตามฤดูกาลแหล่งน้ำใต้ดินและพื้นที่โดยรอบในขณะที่นิเวศวิทยาทางทะเลเกี่ยวข้องกับมหาสมุทร บริเวณปากแม่น้ำที่ซึ่งน้ำจืดพบกับน้ำเค็มอาจถูกศึกษาโดยนักนิเวศวิทยาจากทั้งสองสาขาและบางครั้งทั้งสองทำงานร่วมกันในโครงการที่ต้องการความเชี่ยวชาญของนักนิเวศวิทยาน้ำจืดและทางทะเล เนื่องจากระบบน้ำเชื่อมโยงถึงกันจึงมีความร่วมมืออย่างมากระหว่างผู้เชี่ยวชาญที่ทำงานในด้านต่าง ๆ ของนิเวศวิทยาทางน้ำและระหว่างนักนิเวศวิทยาทางน้ำและสมาชิกคนอื่น ๆ ของอาชีพด้านนิเวศวิทยา
ไม่ว่านักนิเวศวิทยาจะทำงานร่วมกับน้ำเค็มหรือน้ำจืดมีหลายหัวข้อที่น่าสนใจในระบบนิเวศทางน้ำ นักนิเวศวิทยาทางน้ำศึกษาประชากรธรรมชาติของสิ่งมีชีวิตในน้ำเรียนรู้เกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงตามธรรมชาติและผลกระทบของอิทธิพลเช่นอุณหภูมิความเค็มความลึกของน้ำสถานที่และฤดูกาล นักนิเวศวิทยาอาจสนใจเป็นพิเศษในสิ่งมีชีวิตที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจหรือในชีววิทยาของระบบนิเวศโดยรวม
นักนิเวศวิทยาทางน้ำยังสนใจในปฏิกิริยาของมนุษย์กับสิ่งแวดล้อมและผลกระทบของกิจกรรมของมนุษย์ที่มีต่อระบบนิเวศทางน้ำตั้งแต่การรั่วไหลของน้ำมันในมหาสมุทรไปจนถึงการไหลบ่าทางการเกษตรในทะเลสาบและลำธาร กิจกรรมของมนุษย์บางอย่างมีผลที่ไม่ตั้งใจและผลที่ตามมาเหล่านี้สามารถเกิดขึ้นได้ในระดับโลกในระบบนิเวศทางน้ำเนื่องจากในที่สุดน้ำทั้งหมดก็ไหลลงสู่มหาสมุทรและมหาสมุทรของโลกก็เชื่อมโยงกัน เชื้อจุลินทรีย์ในแม่น้ำคงคาอาจสิ้นสุดในท่าเรือในสหราชอาณาจักรและนักนิเวศวิทยาสามารถสำรวจเส้นทางที่จุลินทรีย์ใช้เพื่อไปที่นั่นและกิจกรรมของมนุษย์มีบทบาทหรือไม่
มีสาขาการศึกษาจำนวนมากที่เปิดให้คนทำงานด้านนิเวศวิทยาทางน้ำรวมถึงการอนุรักษ์น้ำการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมการใช้ทรัพยากรน้ำในเชิงพาณิชย์มลพิษประวัติศาสตร์การใช้น้ำนโยบายการใช้น้ำและการศึกษาสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกัน สภาพแวดล้อมทางน้ำทั่วทุกมุมโลก โดยทั่วไปผู้คนจะเข้าสู่สาขานี้โดยการศึกษาระดับปริญญาทางนิเวศวิทยาโดยมุ่งเน้นที่ประเด็นทางน้ำที่น่าสนใจโดยมีการฝึกอบรมขั้นสูงในบัณฑิตวิทยาลัยเพื่อรับคุณวุฒิและประสบการณ์เพิ่มเติม
