น้ำหนักโมเลกุลเปปไทด์เป็นจำนวนที่ไม่มีหน่วยซึ่งได้มาจากอัตราส่วนของมวลเฉลี่ยของโมเลกุลเปปไทด์หารด้วยหนึ่งในสิบสองมวลของอะตอมของคาร์บอน 12 น้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์ยังสามารถอธิบายได้ว่าเป็นหนึ่งโมลของเปปไทด์ ในหน่วยกรัมเนื่องจากโมลเป็นปริมาณของเปปไทด์ที่เท่ากับน้ำหนักโมเลกุล ดังนั้นเนื่องจากน้ำหนักของกรดอะมิโนของโพรลีนคือ 97.12 โมเลกุลหนึ่งของโพรลีนจะเท่ากับ 97.12 กรัมของสาร
สิ่งสำคัญคือต้องทราบจำนวนน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์ในกระบวนการต่าง ๆ เช่นการสังเคราะห์เปปไทด์เนื่องจากสามารถใช้น้ำหนักเพื่อกำหนดความเข้มข้นของส่วนประกอบของโมเลกุลได้ ตัวอย่างเช่นหากองค์ประกอบหนึ่งมีน้ำหนักโมเลกุลเท่ากับ 50 และอีกองค์ประกอบมีน้ำหนักโมเลกุลเท่ากับ 100 ดังนั้นโมเลกุลในสารประกอบที่สองจะมีน้ำหนักมากกว่าสองเท่าของสารประกอบแรก หากรวมกันเป็นกรัมเท่ากันสารประกอบที่มีน้ำหนักน้อยจะมีโมเลกุลสองเท่าในส่วนผสมเนื่องจากมีน้ำหนักเพียงครึ่งเดียวและแทนที่จะมีความเข้มข้น 50/50 จะมีความเข้มข้นประมาณ 66 / 33
ซอฟต์แวร์วิเคราะห์น้ำหนักโมเลกุลมักใช้ในการคำนวณจำนวนน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์เนื่องจากการคำนวณอาจมีความซับซ้อนเป็นอย่างอื่น ไม่เพียง แต่จะมีน้ำหนักโมเลกุลขององค์ประกอบทางเคมีที่หลากหลายในการจัดลำดับกรดอะมิโนที่ประกอบขึ้นเป็นเปปไทด์ แต่ยังมีปัจจัยอื่น ๆ ที่ต้องพิจารณาอีกด้วย ทั้งคุณสมบัติที่ไม่ชอบน้ำและชอบน้ำที่เกี่ยวข้องกับน้ำเกิดขึ้นเช่นเดียวกับสัมประสิทธิ์การดูดซับของโมลสำหรับโปรตีนของตัวเอง จำนวนของ Avogadro ซึ่งแสดงถึงจำนวนโมเลกุลที่มีอยู่ในโมลนั้นจะต้องใช้เมื่อพิจารณาปริมาณของเปปไทด์จากน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์
กรดอะมิโนเป็นหน่วยการสร้างเปปไทด์ พวกมันมีตั้งแต่น้ำหนักโมเลกุลตกค้างซึ่งเป็นน้ำหนักจริงลบด้วยน้ำซึ่งอยู่ที่ 57.05 สำหรับโมเลกุลที่เล็กที่สุดคือไกลซีนถึง 156.19 สำหรับโมเลกุลที่ใหญ่ที่สุดอาร์จินีน เมื่อรวมกรดอะมิโนตั้งแต่สองตัวขึ้นไปเครื่องคิดเลขน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์มักจะถูกใช้เพื่อกำหนดน้ำหนักโมเลกุลใหม่
การตรวจสอบน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์ที่แม่นยำนั้นมีการใช้งานที่สำคัญในการวิจัยที่หลากหลาย ตัวอย่างเช่นหลักฐานแสดงว่าเปปไทด์น้ำหนักโมเลกุลต่ำเป็นสารควบคุมที่สำคัญในชีววิทยา ฮอร์โมนที่มีเปปไทด์เหล่านี้จะทำงานในส่วนต่าง ๆ ของร่างกายเช่นสมองระบบประสาทและระบบทางเดินอาหาร
