เปปไทด์เป็นโพลิเมอร์ขนาดเล็กที่ประกอบด้วยกรดอะมิโน หลายคนใช้งานทางชีวภาพเช่นฮอร์โมนสารพิษหรือมีความสามารถอื่น ๆ สารประกอบเหล่านี้มักถูกใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาการแพทย์และเคมี พวกเขายังทำหน้าที่เป็นหน่วยการสร้างของโปรตีนเมื่อจำนวนของพวกเขาเชื่อมโยงเข้าด้วยกัน การทำให้บริสุทธิ์เปปไทด์เป็นเทคนิคที่ใช้ในการทำให้บริสุทธิ์เปปไทด์ในปริมาณมากหรือเพื่อช่วยแยกเปปไทด์ที่เกิดจากการย่อยโปรตีน
การทำให้บริสุทธิ์ของเปปไทด์สามารถทำได้โดยใช้เทคนิคของโครมาโตกราฟีซึ่งเป็นวิธีการแยกสารประกอบที่จับกับเมทริกซ์ทางกายภาพที่แตกต่างกัน โครมาโตกราฟีของเหลวความดันสูง (HPLC) มักใช้สำหรับการทำให้บริสุทธิ์ของเปปไทด์ เปปไทด์หรือเปปไทด์ถูกนำไปใช้ในส่วนผสมของตัวทำละลายที่เปลี่ยนแปลงตลอดเวลาเมื่อพวกเขาถูกปั๊มข้ามเสาของลูกปัดขนาดเล็กที่ความดันสูง เปปไทด์ที่แตกต่างกันออกไปตามจุดเวลาที่แตกต่างกันและถูกตรวจจับโดยจอภาพ
เมื่อทำการวิจัยเกี่ยวกับเปปไทด์บ่อยครั้งที่สารที่สนใจนั้นหายากและไม่สามารถหาซื้อได้จาก บริษัท เคมี หากรู้ว่าโครงสร้างของเปปไทด์ที่ต้องการนั้นเป็นเรื่องง่ายกว่าการเตรียมสารเคมีโดยการสังเคราะห์เปปไทด์มักจะง่ายกว่าการแยกสารประกอบจากแหล่งธรรมชาติ การแยกผลิตภัณฑ์จากธรรมชาตินั้นเป็นเรื่องยาก เปปไทด์สังเคราะห์โดยทั่วไปจะบริสุทธิ์โดย HPLC
การสังเคราะห์สารเคมีดังกล่าวอาจเป็นอันตรายต่อนักวิจัยอิสระที่ไม่ใช่นักเคมี บ่อยครั้งที่งานนี้ได้รับการว่าจ้างให้ บริษัท การสังเคราะห์เปปไทด์ที่เชี่ยวชาญในเทคนิคเหล่านี้ สิ่งนี้อาจประหยัดกว่าการพยายามตั้งค่าระบบตั้งแต่เริ่มต้นในห้องปฏิบัติการ บริษัท เปปไทด์สามารถสร้างเปปไทด์ตามความต้องการของนักวิจัยได้
เหตุผลอีกประการหนึ่งสำหรับการทำให้บริสุทธิ์ของเปปไทด์อาจเกิดขึ้นได้เมื่อนักวิจัยได้ทำการทำให้โปรตีนบริสุทธิ์และพยายามระบุตัวตนของมัน เขาหรือเธอสามารถย่อยสลายโปรตีนเป็นชิ้นส่วนของเปปไทด์แยกชิ้นส่วนด้วยการทำให้บริสุทธิ์และมีรูปแบบการกระจายตัวของเปปไทด์ที่ตรวจพบโดยเครื่องสเปกโตรมิเตอร์ในขณะที่พวกมันชะออกจากคอลัมน์ เทคนิคนี้เป็นที่รู้จักกันในชื่อ LC-MS ย่อมาจาก liquid chromatography-mass spectrometry มันให้น้ำหนักโมเลกุลและองค์ประกอบกรดอะมิโนของชิ้นส่วนและมักจะช่วยให้การระบุโปรตีนหากมีการระบุที่คล้ายกันหรือเหมือนกันก่อนหน้านี้
นักวิจัยหลายคนทำงานกับเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติแปลกใหม่เช่นกรดอะมิโนที่ผิดธรรมชาติเพื่อลองและค้นหาสิ่งที่มีกิจกรรมทางชีววิทยาที่ผิดปกติ มีฟิลด์ทั้งหมดที่เรียกว่า peptidomimetics ซึ่งอุทิศให้กับการศึกษาเปปไทด์ใหม่ บ่อยครั้งที่ลำดับคอมพิวเตอร์สร้างขึ้นได้รับการออกแบบและห้องสมุดเปปไทด์ถูกสังเคราะห์ที่ครอบคลุมช่วงของเปปไทด์ผิดปรกติ การทำให้บริสุทธิ์เปปไทด์ใช้เพื่อแยกสมาชิกแต่ละคนของห้องสมุดนี้เพื่อให้เปปไทด์บริสุทธิ์เพื่อทดสอบกิจกรรมทางชีวภาพ กลยุทธ์นี้ประสบความสำเร็จในการสร้างยาใหม่ที่วางจำหน่ายอย่างน้อยหนึ่งตัว
เปปไทด์ทางชีวภาพจำนวนมากมีความน่าสนใจสำหรับใช้ในทางการแพทย์ สารประกอบที่ใช้ในเชิงพาณิชย์เช่นอินซูลินนั้นเป็นสารที่ผลิตโดยระบบ recombinant DNA ที่สามารถสร้างสารประกอบที่ต้องการได้จำนวนมาก บ่อยครั้งที่เปปไทด์ได้รับการออกแบบทางพันธุกรรมเพื่ออำนวยความสะดวกในการทำให้บริสุทธิ์โดยการเพิ่มแท็กบางประเภทลงในเสื้อผ้า วิธีนี้ทำให้สามารถใช้ affinity chromatography เพื่อทำให้บริสุทธิ์ของเปปไทด์
ด้วยโครมาโตกราฟีประเภทนี้แท็กคือสารประกอบเช่นฮิสติดีนที่จะผูกเมทริกซ์ของลูกปัดเช่นนิกเกิลได้รับเลือกเพื่อความสามารถในการผูกแท็ก โปรตีนและเปปไทด์ที่ไม่ต้องการโดยทั่วไปจะผ่านเข้าไปในคอลัมน์โดยไม่มีการผูกมัด เปปไทด์ที่ออกแบบมาโดยเฉพาะมักจะผูกกับคอลัมน์ หลังจากล้างโปรตีนและเปปไทด์ที่ปนเปื้อนออกแล้วเปปไทด์ที่ต้องการจะถูกชะล้างด้วยสารประกอบที่แข่งขันเพื่อจับกับเมทริกซ์ หนึ่งในนั้นมีการเตรียมเปปไทด์ที่บริสุทธิ์อย่างเป็นธรรมและแท็กสามารถลบออกได้โดยความแตกแยก
