โปรตีนอิเล็กโทรโฟเรซิเป็นกระบวนการทางการแพทย์ที่ใช้ในการแยกและวิเคราะห์โปรตีนที่มีอยู่ในตัวอย่างของเหลว ตัวอย่างที่จะทดสอบมักเป็นตัวอย่างปัสสาวะหรือเลือด อาจทำการทดสอบน้ำไขสันหลังโดยใช้เทคนิคนี้
การแยกโมเลกุลโปรตีนในอิเล็กโตรโฟรีซิสนั้นทำโดยใช้ประจุไฟฟ้า ขั้นแรกให้โมเลกุลโปรตีนได้รับการปฏิบัติเพื่อให้ประจุลบแม่เหล็ก จากนั้นตัวอย่างจะถูกวางไว้บนหรือลงในวัสดุพิมพ์ซึ่งโดยปกติจะเป็นเจลบางชนิดซึ่งใช้สนามไฟฟ้า ก่อนการคิดค้นเจลอิเล็กโตรโฟรีซิสเทคนิคการอิเลคโตรโฟรีซิสโปรตีนยุคแรกใช้กระดาษชนิดพิเศษเป็นสารตั้งต้น
เนื่องจากประจุของโมเลกุลโปรตีนพวกมันค่อย ๆ เคลื่อนที่ไปทางด้านบวกของสนามไฟฟ้า โมเลกุลโปรตีนจะถูกแยกออกตามขนาดเนื่องจากโมเลกุลขนาดเล็กเดินทางเร็วกว่าโมเลกุลที่ใหญ่กว่า สีย้อมมักจะต้องการเพื่อให้มองเห็นโปรตีน
เซรั่มโปรตีนอิเล็กโทรโฟเรซิสเป็นการทดสอบอิเล็กโทรโฟรีซิสเฉพาะที่ใช้เพื่อระบุโปรตีนที่เรียกว่าโกลบูลินซึ่งมีอยู่ในเลือด ความผิดปกติบางอย่างที่อาจได้รับการวินิจฉัยโดยใช้การทดสอบนี้ ได้แก่ โรคตับแข็งโรคตับโรคโลหิตจางและมะเร็งชนิดต่าง ๆ ยกตัวอย่างเช่นโปรตีนระดับต่ำที่เรียกว่าอัลบูมินอาจเป็นโรคตับ Haptoglobin และ macroglobulin เป็นโปรตีนสองชนิดที่มักแสดงระดับลดลงในโรคโลหิตจางบางชนิด
ปัสสาวะปกติมีระดับโปรตีนต่ำมาก อิเล็กโทรโฟเรซิสโปรตีนในปัสสาวะมักเกิดขึ้นหลังจากที่แพทย์ทำการวินิจฉัยระดับโปรตีนในปัสสาวะของผู้ป่วย ตัวอย่างของโปรตีนที่มักพบในปัสสาวะในปริมาณที่สูงเมื่อผู้ป่วยมีปัญหาไตคือโปรตีน Bence Jones เจลอิเล็กโตรโฟรีซีสของโปรตีนต่าง ๆ ที่มีอยู่ในปัสสาวะอาจช่วยระบุโรคไตที่เฉพาะเจาะจงที่อาจทำให้โปรตีนถูกขับออกมา เนื่องจากปัสสาวะและน้ำไขสันหลังมีแนวโน้มที่จะมีโปรตีนอยู่ในระดับที่ต่ำกว่าในซีรัมในเลือดจึงมักจะต้องมีขั้นตอนการทำสมาธิก่อนทำอิเลคโตรโฟรีซิสโปรตีนเจลในปัสสาวะหรือตัวอย่างน้ำไขสันหลัง
เช่นเดียวกับการใช้งานที่สำคัญในการวินิจฉัยอิเลคโตรโฟรีซิสของโปรตีนมักจะถูกใช้เพื่อตรวจสอบสภาวะต่อเนื่อง การวัดระดับของโปรตีนที่บ่งบอกถึงความผิดปกติของการรักษาอาจเป็นวิธีที่สำคัญในการพิจารณาว่าโรคนั้นกำลังดำเนินอยู่หรือไม่และเพื่อวัดความสำเร็จหรือความล้มเหลวของยาหรือการรักษาที่กำหนด การตรวจสอบประเภทนี้มักจะใช้สำหรับโรคไตและตับที่ก้าวหน้าและสำหรับโรคภูมิต้านทานผิดปกติบางอย่าง
