ความแตกต่างหลักระหว่างแอนติบอดีและโปรตีนคือในขณะที่แอนติบอดีทั้งหมดเป็นโปรตีนไม่ใช่โปรตีนทั้งหมดเป็นแอนติบอดี โปรตีนเป็นโมเลกุลขนาดใหญ่ทั่วไปที่ทำหน้าที่เป็นทั้งหน่วยโครงสร้างและหน้าที่สำหรับสิ่งมีชีวิตทุกชนิดบนโลก พวกเขายังเป็นแหล่งเก็บของโมเลกุลกรดอะมิโนที่จำเป็น 20 ชนิดในพืชและสัตว์ที่จำเป็นต่อการอยู่รอดของมนุษย์ แต่ร่างกายมนุษย์ไม่สามารถผลิตได้เองจากสารตั้งต้นทางเคมีอื่น ๆ แอนติบอดีเป็นโปรตีนรูปตัว Y ชนิดพิเศษซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกันซึ่งมีไซต์ตัวรับผลผูกพันพิเศษสำหรับไซต์แอนติเจนบนไวรัสและแบคทีเรียซึ่งสิ่งมีชีวิตเหล่านั้นทำซ้ำตัวเอง เมื่อแอนติบอดีมีอยู่ในจำนวนที่มีนัยสำคัญพวกเขายับยั้งการสืบพันธุ์ของไวรัสและแบคทีเรียในร่างกายโดยผูกติดกับแอนติเจนและกระตุ้นการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันอื่น ๆ เพื่อให้แน่ใจว่าสุขภาพเช่นกัน
คุณสมบัติที่สำคัญอีกประการหนึ่งของทั้งแอนติบอดีและโปรตีนที่มีประโยชน์ในการทำงานของมันคือการที่โมเลกุลถูกพับหรือมีรูปร่างเนื่องจากสิ่งนี้ส่งผลกระทบต่อความสามารถในการผูกกับโมเลกุลอื่น ๆ และมีปฏิกิริยาต่อกันในสภาพแวดล้อมของเซลล์ ในขณะที่แอนติบอดีและโปรตีนสามารถมีโครงสร้างทางเคมีที่แตกต่างกันโครงสร้างการพับของพวกเขาอาจคล้ายกันในบางกรณีซึ่งส่งผลกระทบโดยตรงต่อบทบาทที่พวกเขาเล่นในเวลาใดก็ได้ในร่างกาย ฐานข้อมูลปัจจุบัน ณ ปี 2011 ได้ระบุจำนวนรูปแบบการพับจริงที่ จำกัด ที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติเท่านั้น แต่ในทางทฤษฎีแล้วอาจมีชุดค่าผสมที่แตกต่างกันนับล้านชุด การประมาณว่ามีรูปแบบระหว่าง 1,233 ถึง 1,393 เท่าสำหรับแอนติบอดีและโปรตีน แอนติบอดีทั้งหมดใช้รูปตัว Y ที่เป็นเอกลักษณ์อย่างไรก็ตามด้วยไซต์ตัวรับกรดอะมิโนที่เฉพาะเจาะจงในส่วนบนของ Y ซึ่งทั้งสองสาขาของภูมิภาคนี้สามารถผูกกับแอนติเจนที่แยกจากกันสองตัวพร้อมกันเพื่อปิดใช้งานพวกมัน
ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างแอนติบอดี้และโปรตีนก็เป็นภูมิภาคที่ผลิต ในขณะที่การสังเคราะห์โปรตีนเป็นผลตามธรรมชาติของการรวมลำดับกรดอะมิโนในเซลล์ประเภทต่าง ๆ จากกรด deoxyribonucleic (DNA), แอนติบอดีมีวิธีการผลิตที่ จำกัด มากขึ้น แอนติบอดีมักเรียกว่าอิมมูโนโกลบูลินสำหรับบทบาทที่มีผลผูกพันในระบบภูมิคุ้มกันและโมเลกุลเหล่านี้มักผลิตโดย B-lymphocyte หรือโครงสร้าง B-cell หรือที่เรียกว่าเซลล์เม็ดเลือดขาวหรือพลาสมาเซลล์ซึ่งอยู่ในไขกระดูก
การจำแนกประเภททั่วไปสำหรับแอนติบอดีและโปรตีนก็แตกต่างกันไปเช่นกัน ในขณะที่มีโมเลกุลโปรตีนอย่างน้อย 100 ชนิดที่แตกต่างกันและให้บริการการทำงานของโมเลกุลมากมายจากการอำนวยความสะดวกในการเคลื่อนไหวของมอเตอร์ไปจนถึงการเร่งปฏิกิริยาของดีเอ็นเอแอนติบอดีเป็นโมโนโคลนอล โมโนโคลนอลแอนติบอดีสามารถจับกับแอนติเจนที่จำเพาะเพียงตัวเดียวเท่านั้นและผลิตขึ้นตามธรรมชาติในร่างกายเพื่อตอบสนองต่อผู้บุกรุกจากต่างประเทศ ในทางกลับกันโพลีโคลนอลแอนติบอดีถูกเก็บเกี่ยวจากเลือดของสัตว์ที่ได้รับวัคซีนและสามารถออกแบบให้ติดกับแอนติเจนที่หลากหลาย
สิ่งมีชีวิตกระตุ้นการผลิตแอนติบอดีเพื่อป้องกันตัวเองจากการติดเชื้อ แต่วิทยาศาสตร์การแพทย์ก็มีส่วนเกี่ยวข้องอย่างมากในการสร้างแอนติบอดีเพื่อการวิจัยและรายการแอนติบอดีขนาดใหญ่มีอยู่ในขณะนี้ที่ห้องปฏิบัติการสามารถสั่งแอนติบอดีที่พวกเขาต้องการ จำนวนซัพพลายเออร์แอนติบอดีจากโพลีโคลนอลทั่วโลกมีจำนวนอย่างน้อย 180 บริษัท ในปี 2554 ซึ่งหลายรายมีแอนติบอดี้ที่แตกต่างกันกว่า 20,000 รายการสำหรับการขายและการจัดส่งรวมถึงโมโนโคลนอลแอนติบอดีบางตัวเช่นกัน
