ประวัติของกล้องจุลทรรศน์ค่อนข้างยาวซึ่งประกอบไปด้วยวัฒนธรรมที่แตกต่างและหลายศตวรรษ เป็นการยากที่จะระบุประวัติต้นของกล้องจุลทรรศน์เพียงเพราะสิ่งที่สามารถพิจารณาได้อย่างถูกต้องว่ากล้องจุลทรรศน์เปิดให้มีการตีความบางอย่าง อย่างไรก็ตามมันเป็นประวัติศาสตร์อันยาวนานและมีเรื่องราวมากมายและยังสามารถเห็นได้ในปัจจุบันในมรดกของกล้องจุลทรรศน์โบราณทางกายภาพซึ่งทำหน้าที่เป็นชิ้นส่วนสะสมสำหรับนักวิทยาศาสตร์หลายคน
เลนส์รุ่นแรกนั้นสามารถพบได้ในศตวรรษที่ 7 ก่อนคริสตศักราชในอัสซีเรียซึ่งเป็นที่ที่มีการใช้คริสตัลขัดเงา สิ่งที่มีชื่อเสียงที่สุดคือเลนส์ Nimrud ที่พบในวังนิมรุด เลนส์นี้สามารถใช้เป็นแว่นขยายได้หลายวิธีซึ่งเป็นกล้องจุลทรรศน์อย่างง่ายหรืออาจใช้เป็นเลนส์เพื่อเริ่มต้นการยิงจากแสงแดด บางคนเชื่อว่าเลนส์ Nimrud เป็นส่วนหนึ่งของกล้องโทรทรรศน์ขั้นพื้นฐานช่วยชาวอัสซีเรียในการทำความเข้าใจเกี่ยวกับดาราศาสตร์ที่ซับซ้อน
ในศตวรรษที่ 10 นักวิทยาศาสตร์อิสลาม Ibn al-Haytham ปฏิวัติการศึกษาด้านทัศนศาสตร์และมีส่วนร่วมในสาขาวิชาที่หลากหลายรวมถึงการกำหนดวิธีการทางวิทยาศาสตร์ ในข้อความที่เกี่ยวกับน้ำเชื้อของเขา หนังสือของเลนส์ เขาพูดเกี่ยวกับ "อุปกรณ์ขยาย, เลนส์นูนสร้างภาพขยาย" คำอธิบายนี้อาจถูกมองว่าเป็นตัวอย่างแรกของแว่นขยายหรือกล้องจุลทรรศน์อย่างเป็นทางการ ผ่านยุคกลางอุปกรณ์เหล่านี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางรวมถึงในยุโรปวัดในรูปแบบของการอ่านหินซึ่งเป็นหัวใจในประวัติศาสตร์ของกล้องจุลทรรศน์ในขณะที่มันผ่านการใช้ชีวิตประจำวันที่มันถูกค้นพบเลนส์ตื้นมากขึ้นที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น
ในช่วงปลายศตวรรษที่ 16 ในฮอลแลนด์ผู้ผลิตแว่นตาหลายรายเริ่มทำสิ่งที่สามารถมองได้ว่าเป็นบรรพบุรุษโดยตรงของกล้องจุลทรรศน์สมัยใหม่ ทั้งสามได้รับการยกย่องด้วยการประดิษฐ์และใครเป็นคนแรกที่สร้างกล้องจุลทรรศน์ขึ้นอยู่กับการอภิปราย หนึ่งในนักประดิษฐ์เหล่านี้คือ Hans Lippershey ก็ให้เครดิตกับการประดิษฐ์กล้องโทรทรรศน์ตัวจริงตัวแรก อีกสองคนคือฮันส์แจนเซ่นและซาคาเรียลูกชายของเขาต่างก็กระตือรือร้นในโลกแห่งทัศนศาสตร์และน่าจะสร้างกล้องจุลทรรศน์ได้ อย่างไรก็ตามคำนี้มีชื่อว่าเพียงประมาณ 1625 เพื่ออธิบายกล้องจุลทรรศน์คอมพาวด์ของกาลิเลโอกาลิลี
ตลอดศตวรรษที่ 18 ประวัติศาสตร์ของกล้องจุลทรรศน์เป็นหนึ่งในการปรับแต่งอย่างต่อเนื่อง ด้วยการใช้แว่นตาหลายอันเพื่อลดความคลาดเคลื่อนของสีและเทคนิคการเจียรแบบใหม่ที่ช่วยให้ขยายภาพได้มากขึ้นกล้องจุลทรรศน์ยังคงมีประสิทธิภาพมากขึ้นเรื่อย ๆ ในตอนท้ายของศตวรรษที่ 19 เอิร์นส์แอบบีได้กำหนดค่าสูงสุดทางทฤษฎีสำหรับการแก้ปัญหาด้วยกล้องจุลทรรศน์ในงาน Abbe Sine Condition ของ เขา
ศตวรรษที่ 20 เห็นการกระโดดที่ใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์ของกล้องจุลทรรศน์เริ่มต้นด้วยการพัฒนากล้องจุลทรรศน์ที่สามารถดูวัตถุที่เล็กกว่าความยาวคลื่นของแสงโดย Richard Zsigmondy ซึ่งต่อมาได้รับรางวัลโนเบลสาขาเคมี ในปี 1932 สิ่งนี้ได้รับการปรับปรุงโดยการสร้างกล้องจุลทรรศน์เฟสคอนทราสต์ช่วยให้วัตถุที่จะดูซึ่งไม่มีสีซึ่ง Frits Zernike ได้รับรางวัลโนเบลสาขาฟิสิกส์ในปี 1953 ในช่วงเวลาเดียวกันนั้นกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนถูกประดิษฐ์ขึ้น สำหรับกำลังขยายที่มากขึ้นจนถึงระดับอะตอมซึ่ง Ernst Ruska ได้รับรางวัลโนเบลสาขาฟิสิกส์ในปี 2529
เมื่อไม่นานมานี้ Gerd Binnig และ Heinrich Rohrer ได้ประดิษฐ์กล้องจุลทรรศน์การขุดอุโมงค์ซึ่งไม่เพียง แต่จะขยายวัตถุให้อยู่ในระดับอะตอมเท่านั้น สำหรับการประดิษฐ์กล้องจุลทรรศน์ที่ทันสมัยที่สุดนี้ Binnig และ Heinrich ได้รับรางวัลโนเบลสาขาฟิสิกส์ในปี 2529
