แบคทีเรียเป็นสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวที่มีโครงสร้างเซลล์โปรคาริโอต ในขณะที่เซลล์ของแบคทีเรียแตกต่างกันไปตามองค์ประกอบโครงสร้างบางอย่างเช่นขนาดและรูปร่าง เซลล์ Prokaryotic มีลักษณะโดดเด่นที่ไม่มีนิวเคลียสหรือออร์แกเนลล์อื่น ๆ ที่หุ้มด้วยเยื่อ
เซลล์แบคทีเรียได้รับการปกป้องและกักเก็บโดยผนังเซลล์ซึ่งทำจาก peptidoglycan ซึ่งเป็นน้ำตาลและโปรตีนโพลีเมอร์ แบคทีเรียที่มีผนังเซลล์หนาเรียกว่าแกรมบวกขณะที่ผนังเซลล์บาง ๆ ล้อมรอบด้วยเมมเบรนไขมันเรียกว่าแกรมลบ ผนังเซลล์ปกป้องเซลล์จากผลกระทบของความดัน turgor ซึ่งเป็นผลมาจากความเข้มข้นของตัวถูกละลายในเซลล์สูงกว่าเมื่อเทียบกับสภาพแวดล้อมรอบ ๆ เซลล์
เซลล์แบคทีเรียบางชนิดมีโครงสร้างภายนอก Flagella ซึ่งมีโครงสร้างที่ยาวและยืดหยุ่นได้ทำมาจากโปรตีนแฟลเจลลินแผ่ออกไปจากผนังเซลล์และเพิ่มการเคลื่อนไหวของเซลล์แบคทีเรีย Pili และ fimbrae เป็นหลอดสั้น ๆ ของโปรตีนที่พบในกลุ่ม Proteobacteria และทำให้เซลล์แบคทีเรียสามารถเกาะติดกับสารตั้งต้นหรือเซลล์แบคทีเรียอื่น
การแยกไซโตพลาสซึมหรือของเหลวภายในเซลล์ออกจากผนังเซลล์คือเยื่อหุ้มเซลล์ เมมเบรนนี้ทำหน้าที่เป็นสื่อกลางในการขนส่งวัสดุเข้าและออกจากเซลล์ เยื่อหุ้มเซลล์แบคทีเรียเป็น bilayer ฟอสโฟไลปิดประกอบด้วยกรดไขมันและสามารถดูดซึมได้เฉพาะกับไอออนและโมเลกุลบางอย่าง
การตกแต่งภายในของเซลล์แบคทีเรียนั้นค่อนข้างง่ายเนื่องจากเซลล์โปรคาริโอตไม่มีโครงสร้างภายในจำนวนมาก ข้อมูลทางพันธุกรรมของเซลล์แบคทีเรียนั้นถูกเข้ารหัสในโครงสร้าง supercoiled ของกรด deoxyribonucleic (DNA) ที่แขวนอยู่ในบริเวณที่เรียกว่านิวครอยด์ โครโมโซมของแบคทีเรียมักจะมีรูปร่างเป็นวงกลม
ชิ้นส่วนดีเอ็นเออื่น ๆ ที่รู้จักกันในชื่อพลาสมิดลอยอย่างอิสระในโปรโตปลาสซึมนอกเหนือจากโครโมโซมหลัก รหัสชิ้นส่วนเหล่านี้สำหรับลักษณะที่ไม่จำเป็นและอาจมีการแลกเปลี่ยนระหว่างแบคทีเรีย การขาดนิวเคลียสที่ยึดกับเยื่อหุ้มเซลล์ทำให้ DNA ในเซลล์แบคทีเรียมีปฏิสัมพันธ์โดยตรงกับไรโบโซมมากขึ้นซึ่งมีหน้าที่รับผิดชอบกระบวนการแปลหรือถ่ายโอนข้อมูลทางพันธุกรรม
ไรโบโซมและโครโมโซมแบคทีเรียเป็นโครงสร้างเซลล์พื้นฐานที่พบได้ในไซโตพลาสซึมของเซลล์แบคทีเรียแม้ว่าแบคทีเรียบางชนิดจะมีโครงสร้างที่ซับซ้อนกว่า ตัวอย่างเช่นแพลงก์ตอนแบคทีเรียบางชนิดมีถุงก๊าซในเซลล์ของพวกเขาซึ่งช่วยให้พวกเขาปรับการลอยตัวของพวกเขาในน้ำ โครงสร้างของเส้นใยประกอบด้วยโครงร่างโครงกระดูกก็ถูกพบในเซลล์แบคทีเรียด้วย
