E-ticaret işlemleri çeşitli şekillerde ele alınabilir. Bazı seçenekler normal perakende mağazaları tarafından kullanılanlarla aynıdır, bazıları ise çevrimiçi alışverişlere özeldir. Çevrimiçi perakendecinin işlemleri gerçekleştirmeyi nasıl seçtiği tamamen kendi takdirine bağlı olmasına rağmen, müşteri ihtiyaçları ve tercihleri normalde hangi işlem seçeneklerinin sunulmasında büyük rol oynar. Popüler e-ticaret işlem seçenekleri arasında kredi kartları, banka kartları, elektronik çekler, hediye kartları, çevrimiçi ödeme hizmetleri ve ertelenmiş ödeme planları bulunur. Bazı çevrimiçi şirketler hala kişisel çekleri ve kasiyer çeklerini kabul etmektedir, ancak bu seçenekler perakendecinin işlemesi için zaman ve paraya mal olduklarından ve diğer ödeme seçeneklerinden daha fazla başarısız olma şansına sahip olduklarından azalmaktadır.
E-ticaret işlemlerinde yer alan gerçek bir kimsenin olmaması, birçok kişiyi bu ticaret biçimi için endişelendirir. E-ticaretin ilk günlerinde, korku dolu hikayeler, çalınan kredi kartı numaraları, kimlik hırsızlığı ve düpedüz hırsızlık ile ilgili olarak, ahlaksız ve genellikle tamamen sahtekarlık yapan çevrimiçi perakendecilerle doludur. Çevrimiçi satışlar çok yeni olduğu için, güvenlik seçenekleri sınırlıydı ve bir web sitesinden satın almak isteyen tüketicilere sunulan tek seçenek genellikle kör bir güvendi.
Günümüzün çevrimiçi iş dünyası, sayısız yerleşik güvenlik özelliği ile e-ticaret işlemleri sunmaktadır. Banka kartı numaraları hırsızlığı önlemek için şifrelenir ve kişisel bilgiler benzer tekniklerle güvenli bir şekilde saklanır. Önemli sayıda şirket, perakende web sitelerine üçüncü taraf güvenliği sağlar ve sistemlerinin arızalanması durumunda perakendecilere ve tüketicilere geri ödeme yapılmasını garanti eder.
Büyük kredi kartı ve banka kartlarını kabul etmenin yanı sıra, birçok İnternet ticaret sitesi müşterileri için başka işlem seçenekleri sunar. Elektronik kontroller bazı e-ticaret sitelerinde popüler olmakla birlikte, tüccara kredi kartı ve banka kartı satışlarını işleme koymak için ödemesi gereken ücretler karşılığında satıcıya ek işlem masrafları koymuşlardır. Elektronik çekle ödeme yapmak için, alıcı tarafından sağlanan banka bilgileri kullanılarak satıcı tarafından fiziksel bir çek oluşturulur ve çek, normal bir sayaç çek gibi satıcının banka hesabına yatırılır.
Geciken ödemeler, bazı tüketiciler tarafından tercih edilen bir başka seçenektir. Bu seçenek, alıcıya ödeme yapmadan önce bir hesap veya hizmet almasını sağlar; satıcının, banka hesap bilgilerini sağlaması veya şartlar birden fazla ödeme için öngörülüyorsa, daha sonraki bir tarih veya tarihte faturalandırılacak bir kredi kartı veya banka kartı hesap numarası sağlamasını sağlar. Bu yöntem genellikle işlemin başlangıcında satıcıya ödenecek hizmet ücretini içerir.
Bazı e-ticaret siteleri hediye kartları veya hediye sertifikaları satar veya tüketicilere indirim kuponu kodları sunar. Bu çevrimiçi perakendeciler, e-ticaret işlemlerinde bu ödeme yöntemlerini kabul eder. Bu ödeme yöntemleri, kredi kartı veya banka kartıyla yapılan ödemelere benzemektedir.
