Tipik kar amacı gütmeyen organizasyon yapısı üç ana kategoriye ayrılmıştır. Kategoriler yönetişim, yönetim ve programları içerir. Bu üç ana bölüm içinde, her birinin içine giren çok sayıda alt kategori veya alt bölüm vardır. Kar amacı gütmeyen kuruluşun kayıt olduğu devlet de kuruluşun genel yapısını etkiler.
Kâr amacı gütmeyen bir organizasyon yapısının yönetişimi yönetim kuruludur. Yönetim kurulu, kurulda oturan birkaç kişi veya düzinelerce üye olabilir. Öncelikle, kurulun büyüklüğü kar amacı gütmeyen kuruluşun büyüklüğüne ve ihtiyaçlarına bağlıdır. Kurulun büyüklüğü ayrıca kuruluşun merkezi olduğu duruma bağlıdır. Yönetim kurulunun temel rolü, kuruluşun politikalarını oluşturmak ve uygulamaktır.
Kâr amacı gütmeyen kuruluşun ikinci ana kategorisi idaredir. Yönetim kuruluna personel ödenmiyor, sadece ilgili taraflara veya gönüllülere ödeme yapılırken, idare personeline ücret ödeniyor. Çalışanların veya idarenin iki ana alt kategorisi, yürütme direktörü veya başkan ve personeldir. Tabii ki, personel çeşitli çalışanlardan oluşabilir.
Kâr amacı gütmeyen bir kurumun öncülünün belirli bir amaca ulaşmak olduğu için, kar amacı gütmeyen bir organizasyon yapısının program alanı, amacı gerçekleştiren programları oluşturma ve uygulama yönünde çalışır. Örneğin, kar amacı gütmeyen bir tarih müzesiyse, amacı, kendi tarihinin tarihini kronikleştirmektir. Programlar sosyal etkinlikler, atölye çalışmaları ve hatta bölgenin tarihi turlarını içerebilir.
Birincil program alanları, planlama, kaynak yaratma, halkla ilişkiler, pazarlama, operasyonlar, gönüllü koordinasyonu, kalkınma ve insan kaynaklarını içerir. Yine, bu program alt kategorilerinde bile, ek alt kategoriler mevcuttur. Pazarlama programı, bir pazarlama direktörü, pazarlama yöneticisi ve halkla ilişkiler müdüründen oluşabilir. Kaynak yaratma alanında bir veri tabanı koordinatörü, üyelik direktörü ve etkinlik planlayıcısı olabilir.
Kâr amacı gütmeyen kuruluşların başladığı ve faaliyet gösterdiği devlet yasaları da kar amacı gütmeyen organizasyon yapısını düzenler. Örneğin, Teksas'ta, kar amacı gütmeyen bir organizasyonun yönetim kurulunda asgari üç yönetmen olması gerekir. Devlet ayrıca, örgütün başkanı olarak görev yapan bir kişi isterken, ayrı bir kişinin yönetim kurulu ve örgütün sekreteri olarak görev yapması gerekir. Devlet kanunu ayrıca, cumhurbaşkanı ve sekreterin aynı kişi olması değil, iki ayrı kişi olması gerektiğini açıkça ortaya koyuyor.
