Zeka geriliğinin birçok olası nedeni vardır, ancak en yaygın doğmamış bebekte veya doğumdan hemen sonra gelişen enfeksiyonlardır. Diğer durumlarda, kromozom anormallikleri hatalıdır. Kalıtsal bozukluklar, travmatik yaralanmalar ve beslenme yetersizlikleri bazen zihinsel geriliği de beraberinde getirebilir. Temel olarak, kişi doğmadan, doğumdan hemen sonra veya çocukluk döneminde beyin gelişimini değiştiren herhangi bir şey zihinsel geriliğe yol açabilir. Bununla birlikte, birçok geciktirme vakasının nedenlerinin asla keşfedilmediğini akılda tutmak önemlidir.
Hala rahim içindeyken, doğumdan hemen sonra veya çocukluk döneminde bebeği etkileyen enfeksiyonlar, beynin gelişimini olumsuz yönde etkilerse, zeka geriliğine neden olabilir. Zihinsel geriliğin gelişmesine neden olabilecek veya katkıda bulunabilecek enfeksiyonlar arasında, bir akciğer hastalığı olan tüberküloz; beyin iltihabı olan ensefalit; kızamıkçık, ayrıca Alman kızamık denir; ve parazitlerin neden olduğu toksoplazmoz. Enfeksiyonla ilgili ek nedenler arasında bakterilerin neden olduğu listeriyaz; beyin ve omurilik iltihabı ile işaretlenmiş menenjit; ve bir tür herpes virüsü olan sitomegalovirüs. Kazanılmış bağışıklık yetersizliği sendromuna (AIDS) yol açan virüs olan insan bağışıklık yetmezliği virüsü (HIV) bile zihinsel geriliğe neden olma potansiyeline sahiptir.
Kromozom anomalileri de zihinsel geriliğin nedenleri arasındadır. Örneğin, Down sendromunda olduğu gibi doğumdan önce mevcut olan anormallikler zihinsel geriliğe neden olabilir. Kırılgan X sendromu adı verilen bir anormallikte olduğu gibi kalıtsal kromozom problemleri de buna neden olabilir. Ek olarak, bir gen bir kromozomda yanlış yere yerleştirildiğinde, zihinsel geriliği olan bir kişi doğabilir.
Kalıtımsal bazı bozukluklar zihinsel geriliğin olası nedenleri arasındadır. Örneğin, bir kişi, şeker moleküllerinin çok fazla biriktiği bir hastalık olan Hunter sendromunun veya şeker metabolizmasını içeren nadir bir hastalık olan Hurler sendromunun sonucu olarak zihinsel engelli olabilir. Her ikisi de sinir sistemini içeren Rett sendromu ve Tay-Sachs hastalığı, zihinsel geriliği de beraberinde getirebilir. Fenilalanin denilen bir maddenin parçalanamamasıyla işaretlenen fenilketonüri (PKU) de zihinsel geriliğin nedenleri arasındadır.
Zihinsel geriliğin beslenme nedenleri de vardır. Bir çocuk yetersiz beslenirse, örneğin, zihinsel geriliği nedeniyle daha fazla acı çekebilir. Kötü beslenme, iyi bir besin dengesi içermeyen diyetlerden, besin emilimindeki problemlerden, yiyecek eksikliğinden ve tedavi edilmeden bırakılan bazı tıbbi koşullardan kaynaklanabilir.
Travmatik yaralanmalar bazen zihinsel geriliğe de neden olmaktadır. Doğum sırasında beyinde yaralanma, çocukluk döneminde ciddi kafa travması gibi buna neden olabilir. Beyine oksijen yoksunluğu da buna neden olabilir. Ek olarak, beyinde doğumdan önce veya sonra oluşan kanama zihinsel geriliğe yol açabilir.
