L-karnitin yan etkileri nadirdir. Bununla birlikte, belirtiler ortaya çıktığında, bireyler genellikle küçük ila orta derecede mide ve sindirim rahatsızlığı, baş ağrısı ve cilt tahrişlerini not eder. Bazılarında mesane enfeksiyonları, uyku bozuklukları ve olağandışı vücut kokusu yaşanıyor.
Lizin amino asidinin bir türevi olan L-karnitin, yağın metabolize edilmesine yardımcı olur. Sağladığı destek, yağ asitlerini doğrudan hücre mitokondriye ilettiği için sağlık için hayati öneme sahiptir. Bir insan bu amino asit türevinde eksik olmadığı sürece, genellikle vücuttaki varlığını arttırmaya gerek yoktur. Her ne kadar süt ürünleri ve kırmızı et tüketimi ile kolayca erişilebilir olsa da, bu gıda ürünlerinden kaçınan birçok kişi bunun yerine takviye şeklinde satın alır ve bilinen L-karnitin yan etkileri hakkında merak eder.
Hemodiyaliz ve yaşa bağlı hafıza kaybı olan kişiler L-karnitinden de yararlanabilir. Araştırmacılar belirsizdir, ancak bu amino asidi desteklemesi durumunda aslında bu kayıpları önleyecektir. Uyku bozuklukları nadiren bildirilen L-karnitin yan etkilerinden biri olduğu için, yavaş hafıza kaybına maruz kalan kişiler genellikle daha az etkili bulmaktadır.
Bazen sadece karnitin veya asetil L-karnitin olarak adlandırılır, yan etkiler çok nadiren sağlıklı bireylerde bildirilir. Diğer sağlık sorunları olan insanlarda bile, az sayıda yan etki gözlemlenmiştir. Aslında, bazı HIV hastalarında, HIV enfeksiyonlarını tedavi etmek için kullanılan antiviral ilaçların aslında L-karnitin eksikliğine neden olduğu bilinmektedir. Bunun gibi yan etkiler genellikle vücuda sağlıklı seviyelerini geri kazandırmaya yardımcı olan karnitin takviyesi ile tedavi edilir.
Çoğu insan L-karnitin yan etkileri yaşamamasına rağmen, deneyim sorunu yaşayanlar genellikle hafif-orta şiddette semptom ve cilt döküntüleri, burun tıkanıklığı, bulantı, ishal ve kusma gibi rahatsızlıkları bildirir. Hatta bazıları, vücutta yer alan takviyeyle kimyasal etkileşimlerden kaynaklanan tuhaf bir vücut kokusunun varlığını bile rapor etmişlerdir. Vücut kokusu daha az görülen L-karnitin yan etkilerinden biri olsa da, araştırmacılar riboflavin takviyesi alarak da önlenebileceğini keşfettiler.
Görülebilen herhangi bir fiziksel L-karnitin yan etkisinin yokluğunda bile, doktorlar karnitin takviyesi alan kişilerin düzenli olarak klinik taramalara tabi tutulmasını tavsiye etmektedir. Bu, bazı L-karnitin yan etkilerinin sadece tıbbi testlerle keşfedilmesi gerçeğinden kaynaklanmaktadır. Dikkat bozukluğu olan çocukları test eden araştırmacılar ayrıca L-karnitin takviyesinin biraz etkili olduğunu saptadılar, ancak böyle bir tedavinin sadece doktor bakımı altında uygulanmasını, böylece yan etkilerin ortaya çıkması halinde yakından izlenmesini ve tedavi edilmesini önerdi.
