Bir genom tarayıcısı, bir kromozomun fiziksel haritasını görüntülemek için kullanılan bir web arayüzüdür. Bu harita, baz çiftlerinde ölçüldüğü gibi DNA'nın iki geni ne kadar ayırdığını gösterir. İnsan kromozomlarının büyüklüğü 50 milyon ila 250 milyon baz çifti arasındadır. Bir genom tarayıcısı, tüm kromozomların şematik gösterimlerinin yanı sıra, tek genlerin "yakınlaştırılmış" şemalarını ve hatta gerçek baz çifti dizisini gösterir.
Bir genom tarayıcısı, kullanıcının bir kromozom arasında gezinmesini ve belirli yerleri yakınlaştırmasını sağlar. Pek çok genom tarayıcısı kullanıcının gerçek DNA sırasını görüntüleme düzeyinde yakınlaştırmasına izin verir, bununla birlikte bir tarayıcının asıl faydası genleri nükleotit seviyesindeki DNA sırasını görüntülemek yerine, daha geniş bağlamlarında görüntüleme kabiliyetindedir. Bir genin ortalama büyüklüğü 3.000 baz çiftidir, bu nedenle baz çifti seviyesinde yakınlaştırıldığında, kullanıcı bir genin tamamından daha azını görecektir. En büyük insan geni olan distrofin, 2.4 milyon baz çifti uzunluğundadır.
Genlerin şematik gösterimlerini izlemeye ek olarak, genom tarayıcıları başka faydalı bilgiler de gösterebilir. Bu, mRNA olarak adlandırılan, proteine çevrilen, mRNA olarak adlandırılan gen kısmını ve protein için kodlamadan başka fonksiyonları olan DNA dizilerini içerebilir. Genom tarayıcısı ayrıca genomun diziliminde hangi DNA segmentlerinin kullanıldığını gösterebilir.
Çok sayıda organizma sıralı genomlara sahiptir. Genomik alanında standart olan tek bir tarayıcı yoktur, bu nedenle genom tarayıcıları sıralı genomlar arasında değişebilir. Genom tarayıcıları, kullanıcının bir genomik konumdan diğerine atlamasına izin veren, genleri veya ilgilenilen dizileri araştırabilmektedir. Çoğu kromozomun çok büyük olması nedeniyle, ilgilenilen bir bölgeye ulaşmak için bir kromozom arasında kaydırma yapmak verimli olmaz.
Bazı genom tarayıcılarında gen sıralayıcısı adı verilen araçlar bulunur. Bu araç, birbiriyle ilişkili bir gen tablosu görüntüler. İlişki birkaç türden biri olabilir: dizi homolojisi, benzer ifade profili veya genomik yakınlık. Kullanıcı bir sözcüğü veya cümleyi kullanarak bir gen arar, istediği ilişki türünü seçer ve gen sıralayıcısı aramanın sonuçlarını görüntüler.
