Antijenler potansiyel olarak zararlı moleküllerdir ve antijen işleme bu molekülleri tanımlamanın ve vücut için tehlikeli olanlarla baş etmenin biyolojik yöntemini ifade eder. Vücut tarafından üretilen antijenler tipik olarak yalnız bırakılırken, vücuda yabancı istilacı moleküller genellikle nötrleştirilir veya tahrip edilir. Antijenlerin vücutta işlenmesinin iki yolu vardır ve her biri bağışıklık sisteminin farklı hücrelerini içerir. Endojen yol, hücrelerin içindeki partikülleri yönetir ve eksojen yol, hücrelerin dışındaki yabancı partiküllerden sorumludur.
Antijen işlemenin endojen yolu esas olarak vücut tarafından üretilen ve kendi kendine antijen olarak bilinen virüsleri veya proteinleri işler. Bir hücrenin içinde virüs veya kendi antijeni parçalara ayrılır ve Sınıf I ana histo-uyumluluk kompleksi (MHC) moleküllerine verilir. MHC molekülleri antijene bağlanır, onu hücre zarına taşır ve kandaki T hücrelerine sunar. Bu antijen sunumu aşamasında, kendi antijenleri T hücreleri tarafından göz ardı edilir, ancak virüs partikülleri bir yanıtı tetikler. Bir virüsün yayılmasını önlemek için sitolitik T hücreleri, enfekte olmuş hücreleri yok eder.
Antijen işlemenin ekzojen yolu kandaki yabancı partiküllere gider. Bir antijen sunan hücre (APC), yabancı istilacıyı, tipik olarak bir bakteri olan endositoz işlemi yoluyla tüketir. APC örnekleri arasında makrofajlar, B hücreleri ve dendritik hücreler bulunur. APC'nin içinde, yabancı parçacıklar parçalara ayrıldığı bir vezikül içine yerleştirilir. Bu vezikül, Sınıf II MHC molekülleriyle dolu başka bir vezikül ile birleşince, MHC molekülleri fragmanlarla bağlanır.
Kombine vezikül, MHC moleküllerinin antijenleri kandaki T hücrelerine sundukları antijen sunumu için hücre zarına hareket eder. Sitolitik T-hücreleri yerine, yardımcı T-hücreleri, APC'lerde sunulan antijenlerle etkileşime girer. Yardımcı T hücreleri, B hücrelerine bakteri karşı antikorlar üretmelerinde yardımcı olur. Belirli bir bakteri tipi için antikorlar oluşturulduğunda, aynı tür gelecekteki suçluların bağışıklık sistemi tarafından daha hızlı bir şekilde tanınması. Bu, birçok B hücresinin aynı antijene karşı çok fazla antikor ürettiği poliklonal bir yanıtı tetikler.
Bir insanda çölyak hastalığı veya romatoid artrit gibi otoimmün bir hastalık varsa antijen işleme vücuda zarar verebilir. Otoimmün hastalığı olan bir insanda, vücut kendini antijenleri yabancı istilacılar olarak yanlış tanımlıyor ve onlara saldırıyor. Alerjik reaksiyonlar ayrıca, bağışıklık sisteminin antijenlere aşırı reaksiyon gösterdiği ve enflamasyona neden olduğu uygun olmayan bir bağışıklık sistemi tepkisi nedeniyle de meydana gelir.
