Protein ve immünite arasındaki temel bağlantı, vücudun kendi proteinleri tarafından patojen denilen bulaşıcı ajanları tanımasıdır. Bu proteinlere antijen denir ve virüs, bakteri ve kanser hücreleri tarafından üretilebilir. Antikorlar, bir örnek vermek gerekirse, bakteri yüzeyindeki antijenlerle bağlanabilen vücut tarafından üretilen bir protein sınıfıdır. Bu olduğunda, bakterilerin beyaz kan hücreleri tarafından tahrip olduğu işaretlenmiştir. Protein ve bağışıklık arasındaki bir başka önemli bağlantı, vücudun, bulaşıcı hastalıkların spesifik nedenleriyle ilişkili antijenleri hatırlayarak uzun süreli bağışıklık kazanabilmesidir.
Bağışıklık genellikle aktif doğal bağışıklık denilen şeyi ifade eder. Bu, vücut doğal olarak bir başkasının soğumasına neden olan gibi bir patojene maruz kaldığında meydana gelir. Aktif yapay bağışıklık, vücuda bir aşı ile patojenik bir antijenin sokulduğu aşılama işlemi anlamına gelir.
Protein ve bağışıklık arasındaki ilişkiyi anlamak, etkili aşıların geliştirilmesine olanak sağlamıştır. Aşılar, bir immün tepkisi üretmek için antijenleri tanıtarak çalışır. Bunlar uygundur, çünkü vücutta bir bağışıklık tepkisini uyarırlar, ancak hastalık belirtileri göstermezler. Bu, bir mikroorganizmanın değiştirilmesini veya gerçek virüsü vermeden viral proteinlerin kullanılmasını içerebilen yöntemler ile gerçekleştirilir.
Vücut daha önce karşılaştığı patojenlere karşı uzun süreli bağışıklık sağlamak için protein ve bağışıklık arasındaki bağlantıdan yararlanabilir. Enfeksiyöz bir patojenle ilk karşılaştığında, yabancı organizmanın zamanın hastalık veya hastalık semptomlarını ortaya çıkardığı etkili antikorların üretilmesi belirli bir zaman alır. Bu birincil tepki denilen zamandan sonra, bazı hücreler spesifik antikorlar üretme yeteneğini koruyacaktır. Antijene daha sonra rastlandığında, bellek B hücreleri adı verilen hücreler hızlı bir tepki için hızlı bir şekilde bölünecektir. Vücut tekrar hastalanmıyor çünkü antikorlar çok daha hızlı üretiliyor ve daha fazlası üretiliyor.
Beyaz kan hücreleri, protein ve bağışıklık arasında biraz karmaşık bir bağlantıyı gösterir. En önemli bağışıklık sistemi hücreleri, T ve B hücreleri adı verilen iki ana gruba sahip lenfosit adı verilen bir tür beyaz kan hücresidir. T hücreleri, bakteri spesifik antijenlerini tanıyarak önce bakteri gibi yabancı bir hücreye saldırabilir, daha sonra bakteri ölmesine neden olan kendi proteinlerini serbest bırakabilir. Ayrı bir işlemle B hücreleri sonunda antikorlara yol açar. Antikorlar, başka bir beyaz kan hücresi türü olan fagositler tarafından tahrip edilen bakteriler üzerindeki antijenlere bağlanır.
