Bulut bilişim daha yaygın hale geldiğinden, 2000'li ve 2010'lu yıllarda ortaya çıkan birçok farklı bulut bilişim sorunu vardır. En büyük endişelerden bazıları, bulut şirketinin koruması altında ve bir bireyin kendi sunucusunun güvenliği dışında bırakılan kişisel bilgilerin kontrolü ve güvenliği ile ilgili olanlardır. Kaygılar artmaya devam ederken, bulut sağlayıcıları bulut bilişim sorunlarını müşterileri için bir sorun haline gelmeden önce çözmek için çalışır.
En büyük bulut bilişim sorunlarından biri de güvenlik sorunu. Bulut sağlayıcıları sunucularında büyük miktarda veri barındırır ve birçok kişi ve işletme, uzak yerlerde depolanan verilerin hırsız veya eski çalışan tarafından saldırıya uğramasından endişe duymaktadır. Bununla birlikte, sağlayıcılar çoğu zaman ortalama bir kişi veya işletmenin yapabileceğinden daha fazla, güvenliğe büyük miktarda yatırım yaparlar.
Verileri bir bilgisayardan veya sistemden diğerine aktarmak çoğu insanın endişelendiği bulut bilişim sorunlarından bir diğeridir. Birden çok program ve formatın oluşturulması ve kullanılmasıyla, verilerin bir sistemden diğerine kolayca aktarılabilmesi gerekir. Verileri, bazı işletim sistemlerinin geri alınmasını zorlaştıracak şekilde depolayan bazı bulut sağlayıcıları olsa da, çoğu sağlayıcı, işletim sistemleri ve programlar arasında kolayca dönüştürülen formatları kullanır. Bu çoklu platform desteği olarak bilinir.
Verilere erişme yeteneği, bulut bilişim sorunlarından bir diğeridir. Bulut bilgi işlemde, veriler sağlayıcının sahip olduğu uzak sunucularda saklanır ve İnternet üzerinden erişilir. İnternet servisindeki veya sunucuların işlevindeki bir aksaklık, kullanıcının verilerine erişme yeteneğini etkileyebilir. Bulut sağlayıcıları bu tür aksaklıkları önceden tahmin eder ve birincil olanlar kapalıysa müşterinin erişebileceği yedekleme sistemlerine ve sunucularına sahip olarak telafi etmeye çalışır.
Bir başka bulut bilişim sorunu, veri ve fikri mülkiyet haklarına sahip olmaktır. Bulut sağlayıcı ile müşteri arasındaki anlaşmalar, iki tarafın bulutta depolanan bilginin sahipliğine itiraz etmesi durumunda ortaya çıkabilecek yasal sorunları ana hatlarıyla belirtir. Çoğu bulut sağlayıcı, bir müşterinin bulutta yerleştirdiği herhangi bir mülkün müşteriye ait olmaya devam ettiğini açıkça belirten anlaşmalara sahiptir.
