Grafik terimi, matematik kurallarını izleyerek oluşturulan çizimleri veya görüntüleri ifade eder. Moleküler molekülleri ve bileşenlerini ifade eder. Bu nedenle, moleküler grafiklerin (MG) bir anlamı, moleküllerin kendilerinin ve bileşen parçalarının görselleştirilmesi yoluyla moleküllerin incelenmesidir. Moleküler grafikler ayrıca, onları incelemek ve reaksiyonlar ve etkileşimler sırasındaki tepkilerini anlamak için yapılan moleküllerin üç boyutlu tasvirlerini de ifade eder.
Moleküler grafiklerin fiziksel modellere göre bazı avantajları vardır. Fiziksel modeller sorunlara neden olabilir, çünkü yapı gizlenmiştir, esneklik konusunda yanlış bir izlenim vardır, üst üste binme neredeyse imkansızdır ya da çalışmak için çok hantaldır. Bu sorunların tümü bilgisayar grafikleriyle aşılabilir.
Moleküler grafiklerin bir anahtar kullanımı, proteinlerin ve nükleik asitlerin incelenmesidir. Yapısal Biyoinformatik (RCSB) protein veri bankası (PDB) için Araştırma İşbirliği (nükleik asitlerin, proteinlerin ve kompleks yapıların yapıları hakkında deneysel olarak belirlenen bilgilerin genel erişim için saklandığı). 27 Nisan 2010 tarihi itibariyle, veri tabanında 64.932 yapı bulunmaktadır. RCSB, işlevlerini Rutgers Günü’nde Rutgers Üniversitesi’nde 3D virüs modelleri oluşturma konusunda ziyaretçilere yönelik bir davetle popüler hale getirmektedir. RCSB ayrıca Amerika Birleşik Devletleri'ndeki bölgesel Bilim Olimpiyatlarında protein modelleme denemelerine de sponsorluk yapıyor. Dünya Çapında Protein Veri Bankası (wwPDB), RCSB gibi grupların oluşturduğu uluslararası organizasyondur; Avrupalı mevkidaşı PDBe; ve Japon meslektaşı PDBj; aittir.
Moleküler grafiklerin son derece önemli olduğu bir diğer alan, ilaçların tasarımıdır. Moleküler grafik destekli ilaç tasarımı - aynı zamanda bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD), bilgisayar destekli moleküler tasarım (CAMD) veya yapı bazlı ilaç tasarımı (SBDD) olarak da bilinir. Örneğin, Virginia Commonwealth Üniversitesi Farmasötik Bilimler lisansüstü Tıbbi Kimyada uzmanlaşma programları.
Moleküler tasarım yazılımı denilen moleküler grafikler oluşturmak için özel yazılımlar, birkaç ticari paket halinde mevcuttur. Moleküler grafik tabanlı ilaç tasarımına yönelik özel versiyonlar da vardır. İlaç tasarımında, yerleştirme özelliği - görüntülenen bir molekülü bir reseptöre bağlama yeteneği - ilaç tasarım yazılımını diğer moleküler tasarım yazılımlarından ayıran en önemli özelliklerden biridir.
