Faktör II mutasyonları olarak bilinen protrombin genindeki mutasyonlar genetik olarak ilişkilidir, bu nedenle kalıtım yoluyla edinilirler. Bu gen, in vivo olarak trombine dönüştürülen protrombinin üretilmesinden sorumludur, bu nedenle bu kusur bazen bir trombin gen mutasyonu olarak bilinir. Trombin ise suda çözünür fibrinojeni çözünmeyen bir moleküle, kan pıhtılaşma mekanizmasının önemli bir bileşeni olan fibrin'e dönüştürür. Trombin gen mutasyonları, faktör V mutasyonunun yanında, tromboz gelişimi için en büyük ikinci risk faktörü veya kan damarlarının içindeki derin kan pıhtılarıdır.
Bir trombin gen mutasyonu doğuştandır, böylece bir kişi mutasyona uğramış genin bir veya iki kopyasına sahip olabilir, iki kopya bireyi çok daha büyük bir tromboz riski altına sokar. Trombin gen mutasyonu, otozomal dominant bir mutasyondur, yani mutasyonun bir kopyasına sahip bir kişi, çocuklarına geçirme şansının yüzde 50'sine sahiptir. Hem erkek hem de kadınlar, hem de herhangi bir kan grubundakiler, bu geni devralma ve eğer varsa, bununla ilişkili bir tromboz riski taşımaları konusunda eşit risk altındadır.
Bu mutasyon genellikle diğer mutasyonlarla kalıtımsal değildir ve 11. kromozomda bulunan protrombin geni üzerinde 20210 pozisyonunda bir nokta mutasyonunu içerir. Kafkas popülasyonunun yaklaşık yüzde 1-2'si, faktör II mutasyonu için heterozigottur, yani bu insanlar kusurlu genin bir kopyasına sahiptir. Diğer ırksal kökenli insanlarda prevalans oranı çok daha düşüktür.
Bu mutasyon kalıtıldığında, protrombin haberci RNA'nın bozulmasını yavaşlatır, böylece kanda daha fazla miktarda trombine yol açan protrombin üretimi artar. Buna karşılık, pıhtılaşma işlemi, trombinde sonlanabilen ve fibrin yaratma kademesinde rol alan aşırı trombinin fazla olması nedeniyle daha kolay gerçekleşebilir. Trombin gen mutasyonu, derin ven trombozu riskini yaklaşık iki ila üç kat arttırır. Yüksek trombin seviyelerinden, özellikle de tekrarlayan düşüklerden başka sağlık riskleri de vardır.
Trombin gen mutasyonu, tromboz riskini arttırır, ancak mutlaka bir kişinin bu hastalığı geliştireceği anlamına gelmez. Özellikle genin mutasyona uğramış bir kopyasıyla tromboz olasılığını artırabilecek başka risk faktörleri vardır. Bu risk faktörleri, oral kontraseptiflerin kullanımını, faktör V mutasyonu olarak bilinen başka bir genetik mutasyonu miras alması, hamile kalması, sigara içmesi, obezite veya uzun süre hareketsiz kalmasıdır.
