Karşılaştırmalı anatomi, türlerin içindeki ve içindeki fiziksel yapıların, cinslerin ve yaşamın üst düzey sınıflandırmalarının incelenmesidir. Homolog, analojik ve manevi yapıların kavramları alan için temel ve temeldir. Zoolojiye ek olarak, türlerin evrimi, evrimsel biyoloji ve paleontoloji ile de ilgilenen filogeniye yakın bağları var. Ayrıca ataları ve soyundan gelen organizma türlerini tanımlamak ve sınıflandırmak için kullanılan baskın metodoloji olan cladistics'i evrimsel gruplara ayırır.
16. yüzyıl Flaman bilim adamı Andreas Vesalius, 1534 tarihli De Humani Corporis Fabrica Libri Septem - yani, İnsan Vücudunun Yapısı Üzerine Yedi Kitaplar yayınıyla karşılaştırmalı anatominin geliştirilmesinin temelini attı. Fabrica'nın kısaca bilindiği üzere, 17. yüzyıl İngiliz bilim insanı ve hekimi Edward Tyson'a atfedilen, yeni bir anatomi deneyselliği ve modern karşılaştırmalı anatominin ortaya çıkması geleneğini başlattı.
Moleküler biyoloji çalışmaları ile zenginleştirilen karşılaştırmalı anatomi alanındaki farklılıklar ve benzerlikler, türler arasında ve arasında evrimsel ilişkilerin kurulmasında temel teşkil ediyor. Karşılaştırmalı anatomi çalışması, evrim teorisini destekleyen güçlü kanıtlar üretti. Embriyodan yetişkin formlarına benzer anatomik yapıları olan organizmaların evrimsel terimlerle yakından ilişkili olduğuna inanılmaktadır. Aynı zamanda ortak bir atayı paylaştıkları varsayılmaktadır.
Karşılaştırmalı anatominin temel kavramlarından biri de homolog yapılardır. Homolog anatomik yapılar, embriyolojik gelişim ve biçime çok benzeyen fakat fonksiyon bakımından farklı organizmalarda bulunur. Homolog yapıların varlığının, organizmaların evrimsel olarak yakından ilişkili olduğu ve ortak bir atayı paylaştığı anlamına geldiğine inanılmaktadır. Balinaların ve yunusların sırt yüzgeçleri, kedi ve köpeklerin uç kısımları ve insanların ve diğer primatların kolları ve bacakları gibi memelilerin ön ayakları, homolog yapıların örnekleridir.
Gelişim ve biçim bakımından farklı olan organizmalarda bulunan anatomik yapılar, fonksiyon bakımından benzer ancak benzer yapılar olarak bilinir. Embriyonik gelişim ve nihai formdaki farklılıklar, iki organizma arasında yakın bir evrimsel ilişki olmadığı ve ortak bir atayı paylaşmadıkları anlamına gelir. Benzer yapılara bir örnek, böceklerin ve kuşların kanatlarıdır.
Bir diğer önemli kavram ise, manevî yapılardır. Bir organizmada bulunan ve artık bir işleve hizmet etmeyen anatomik özellikler, artık yapılar olarak adlandırılır. İnsan ekleri gibi genellikle boyutları küçülürler. Özelliğin bir organizmada ve bir diğerinde harabe olan birinin varlığı, ikisinin ortak bir evrimsel atayı paylaştığı ve evrimsel anlamda yakından ilişkili olduğu anlamına gelir. Balinalar, örneğin kara memelilerininkine benzer bir arka bacak kemiğine sahiptir.
