Karaciğer, pankreas, safra kanalları ve safra kesesinden oluşan safra sistemi safra üretiminden ve salıverilmesinden sorumludur. Safra, sindirim sırasında lipitlerin emülsifikasyonu için gerekli olan sıvıdır. Karaciğer tarafından üretilir ve dışkı şeklinde atılır.
Yiyecekler midede yenilir ve sindirilirken, ince bağırsağın başlangıcı olan duodenuma girer. Karaciğer hücreleri, safrayı bir dizi hepatik kanalın içine salgılayan nakliyeyi başlatır. Sonunda, safra duodenuma ortak safra kanalı adı verilen başka bir portaldan akar. Salgı, geçişe izin vermek için açılan bir kas olan Oddi sfinkeri tarafından düzenlenir.
İnsan vücudu oruç tutarken 1,7 ons (50 ml) sıvı içerme kabiliyetine sahip olan safra kesesi, safra için saklama alanı olarak hizmet veren keseye benzer bir organdır. Sindirim sırasında, kese tamamen boşalır. Safra kesesinin bölümleri vücut, boyun ve fundusu içerir.
Safra kolesterolle fazla konsantre olduğunda safra kesesi taşları oluşabilir ve bulantı, kusma ve kalıcı karın ağrısı görülür. Bazen biliyer sistem enfekte olabilir veya engellenebilir. Tekrarlayan ataklar, safra kesesinin kolesistektomi olarak adlandırılan cerrahi bir prosedürle tamamen çıkarılmasını gerektirir.
Sağ böbreğin ve midenin önünde bulunan karaciğer, hayatta kalmak için gerekli olan 500'den fazla fonksiyondan sorumludur. Öncelikle karaciğer, ilaçlar, alkol ve bakterileri gidererek kanın detoksifikasyonundan sorumludur. Bir başka yakından ilişkili yapı, pankreas, proteinleri, yağları ve karbonhidratları metabolize etmek için enzimler kullanır.
Pankreatit, ciddi bir biliyer sistem hastalığı olabilen pankreas iltihabıdır. Akut pankreatit, onu parçalamaya çalışan enzimler nedeniyle belirgindir. Bu alkollü bir tıkanıklık veya safra kesesi taşları tarafından ortaya çıkarılabilir. Kronik olarak, bu durum, kansere bağlı ölümlerin önde gelen bir nedeni olan pankreas kanseri gelişme riskini artırarak, pankreasın tamamen tahrip olmasına neden olabilir.
Biliyer sistemin diğer hastalıkları da, özellikle karaciğeri etkileyen ölümcül olabilir. Genel olarak alkolizmden kaynaklanan siroz, organın işlevini kademeli olarak etkileyen karaciğer dokusunda iz bırakmayı içerir. Karaciğerin gerçekleştirdiği önemli eylemlerin sayısı göz önüne alındığında, hastalığın etkisi yıkıcıdır. Sirozun sık görülen belirtileri sarılık, kaşıntı ve halsizliktir.
Milyonlarca insana bazen alkol veya uyuşturucu kullanımından kaynaklanan bir karaciğer iltihabı durumu olan hepatit bulaşmaktadır. Hepatit ayrıca, kısa süreli veya uzun süreli olabilen viral enfeksiyondan da kaynaklanır. Hastalığın kronik formları sıklıkla siroza yol açar. Her yıl binlerce insan hepatitten ölüyor.


