Somatik sinir sistemi ile otonom sinir sistemi arasında bir tane birincil fark vardır. Somatik sinir sistemi, bir bacağını veya parmağını hareket ettirmek gibi, vücudun gönüllü olarak yaptığı tüm fonksiyonları içerir. Otonom sinir sistemi, solunum veya göz kırpma gibi, istemsiz yapılan vücudun tüm fonksiyonlarını içerir.
Vücudun sinir sistemi, periferik sinir sistemine ve merkezi sinir sistemine ayrılır. Merkezi sinir sistemi beyin ve omurilikten ve kranyal sinirlerden oluşur. Periferik sinir sistemi, vücudun geri kalanında çalışan tüm sinir yollarından oluşur. Hem somatik hem de otonom sinir sistemleri, periferik sinir sisteminin bir parçasıdır; bu, beyin veya omuriliği içermeyen sinir sistemi alanını oluşturduğu anlamına gelir.
Somatik sinir sistemi, çoğu insanın isteğine göre hareket eden periferik sinir sisteminden vücudun kaslarına bağlanan sinir dürtüleri yoluyla tüm gönüllü eylemlerden sorumludur. Ayrıca duyuların girişinden de sorumludur. Bir kişi bir tadı ya da bir şeye dokunduğunda, somatik sinirler yorumlanması için beyne aktarılan bilgiyi kontrol eder.
Otonom sinir sistemi, kalp hızı ve terleme gibi vücudun istemsiz hareketlerini kontrol eder. Bu sistemde iki dal vardır: parasempatik sinir sistemi ve sempatik sinir sistemi. Parasempatik sinir sistemi, tükürme, sindirim ve cinsel uyarılma dahil olmak üzere, istirahat halindeyken vücudun işlevlerini kontrol eder. Sempatik sinir sistemi, stres zamanlarında veya bedenin istirahat olmadığı zamanlarda meydana gelen istemsiz eylemler olan “dövüş veya uçuş” eylemlerini kontrol eder.
Parasempatik sinir sisteminin bir parçası olan enterik sistem adı verilen otonom sinir sisteminin başka bir kategorisi vardır. Bu sistem, yemek borusundan kalın bağırsağa kadar sindirimin tüm yönlerini kontrol eder. Otonom sinir sisteminin bir parçasıdır çünkü istemeden yapılan sindirim eylemlerinden sorumludur.
Somatik sinir sistemi ve beyinden sinyal alan ve beyindeki otonom sinir sistemi içerisinde iki farklı tipte nöron vardır. İlk olarak, duyusal nöronlar beyne ve omuriliğe sinir uyarıları gönderir ve motor nöronlar beyinden ve omurilikten sinir uyarıları gönderir. Duyusal nöronlara afferent nöronlar, motor nöronlara efferent nöronlar denir.
