Makrofajlar, bağışıklık sisteminde çok önemli aktiviteler gerçekleştiren beyaz kan hücreleridir. Her ne kadar makrofajların normal fonksiyonunun spesifik olmayan, doğuştan gelen bağışıklığı arttırdığı düşünülse de, belirli savunma işlemlerine başlamaya yardımcı olurlar. Bu hücreler, enflamatuar yanıt için hayatidir ve tümör hücreleri gibi tekli hedefleri takip etmeye teşvik edilebilir.
Bakteriler ve virüsler gibi yabancı organizmaların yokluğunda, makrofajların bir işlevi enkazları ve ölü dokuları yok etmektir. Makrofajlar, bu görevi fagositoz adı verilen bir süreçle yabancı işgalcileri yok ettikleri şekilde gerçekleştirmektedir. Bu işlem sırasında makrofaj, nesneyi veya organizmayı kapmak, çevrelemek ve vücudunun içine vezikül içine götürmek için yalancı modları genişletir. Lizozom denilen bir yapı daha sonra vezikül ile birleşir ve nesneyi enzimler ve toksik kimyasallarla yok eder.
Fagositoz yapıldıktan sonra, makrofajların başka bir fonksiyonu belirginleşir. İstilacının yüzeyindeki antijenler olarak bilinen bağışıklık hücreleri tarafından tanınabilen moleküller makrofaj tarafından alınır ve "sunum" olarak bilinen bir işlemle yakındaki bir yardımcı T hücresine bağlanır. Antijeni kendi yüzeyindeki özel bir moleküle bağlayarak, makrofaj diğer beyaz kan hücrelerinin istilacı için hata yapmamasını sağlar. Yardımcı T hücresi, makrofaj tarafından sunulan ile eşleşen bir antijen bulursa, bir bağışıklık tepkisi başlatacaktır.
Makrofajlar ayrıca T hücreleri tarafından işe alındıklarında spesifik immün tepkilerde rol oynarlar. Makrofajların bu fonksiyonu, tümör hücrelerine veya enfekte olmuş somatik hücrelere cevap olarak lenfokinler olarak bilinen T hücresi salgılayan bileşikleri gerektirir. Bu bileşikler, makrofajın yüzeyindeki lenfokin reseptörlerini bağlar ve yakındaki hücrelere saldırmak için makrofajı aktive eder.
Makrofajların başka bir işlevi, enflamatuar yanıtı içerir. Doku yaralandıktan sonra, bölgedeki makrofajlar bölgeye kan akışını teşvik eden ve iltihaplanmaya neden olan kimyasalları serbest bırakacaktır. Ağrılı olmasına rağmen, iltihap diğer makrofajların ve bağışıklık hücrelerinin potansiyel istilacılara saldırması ve ölü hücreleri yok etmesi için gereklidir.
Bir yaralanmanın ardından, fagositoz veya iltihaplanma ile ilgisi olmayan yaklaşık 48 saat sonra ikinci bir makrofaj dalgası gelir. Bu makrofajlar bunun yerine, yaralanmaya bağlı hasardan iyileşmeye yardımcı olmak için doku büyümesini, onarımını ve farklılaşmasını teşvik eden bir faktör serbest bırakır. Bu faktörün kesin bileşimi henüz bilinmemektedir, ancak makrofajlardan yoksun bırakıldığında yaralanan doku daha yavaş iyileşme eğilimindedir ve varlığının kanıtıdır.
