Adı belli olduğu için deniz yosunununkine benzeyen hipokampus uzun süreli hatıraları kodlamaktan ve mekansal navigasyona yardımcı olmaktan sorumludur. Beynin filogenetik olarak en eski bölümlerinden biridir ve ilk bölüm yapay olarak bir beyin protezi olarak kopyalanmak üzere seçilmiştir. Hipokampusun, kişisel olarak yaşanmış olayların anıları olan ve bunlarla ilişkili duyguların epizodik hafızalarının birleştirilmesi ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Anlamsal soyut olguların ve derneklerin anılarının aksine, epizodik anılar hikaye olarak gösterilebilir. Hipokampusun hasar görmesi, uzun vadeli yeni epizodik hafızalar oluşturmada yetersizlikle sonuçlanmasına rağmen, günlük işler için motor sıraları gibi yeni prosedür anıları hala öğrenilebilir.
Şizofrenide ve bazı ciddi depresyon türlerinde hipokampus küçülür. Hipokampus ayrıca beynin en iyi yapılandırılmış ve çalışılmış bölümlerinden biri olarak bilinir, bu yüzden protez emülasyonu için seçilmiştir. Her ne kadar kesin sinir algoritmaları bilinmese de, bütünüyle modellenmiştir. Hipokampus çok eski olduğu için, evrim yoluyla geniş ölçüde optimize edilmiştir ve temelde tüm memeli türleri arasında aynıdır. Bu nedenle beyin omurilik sıvısında askıya alınmış sıçan hipokampüsünün ayrıntılı çalışmasıyla bir hipokampal protez tasarlamak mümkün olmuştur.
Gezinme için, hipokampus, hayvanın algılanan yerine bağlı olarak aktive olan "yer hücreleri" içerir. Bu hücrelerin hipokampüste bulunduğuna dair güçlü bir durum ortaya konabilir çünkü mevcut konumun oryantasyon ve hız gibi daha temel değişkenlerden belirlenmesi için hafızaların kullanılması gerekir. Bu yer hücrelerinin aktivasyonu, sanal gerçeklik kasabalarında dolaşan insanlarda gözlenmiştir. Birçok uzaysal navigasyon görevi için sağlam bir hipokampus gerekir. Hipokampus başlangıçta, aslında koku korteksi tarafından işlenen koku alma duyusu ile yanlış ilişkilendirildi.
