Midgut, ince bağırsağın tepesinden, kalın bağırsağın yaklaşık orta noktasına kadar uzanan, sindirim sisteminin orta bölümünü belirtir. Ağız, yemek borusu, mide, karaciğer, pankreas, safra kesesi ve duodenumun en üst kısmı olan ince bağırsağın ilk kısmı olan foreguttan önce gelir. Midguttan sonra, enine kolonun bir parçasını, inen ve sigmoid sütunları ve rektumdan oluşan kalın bağırsağın tüm kısımları olan hindgut gelir. Midgut'ta yer alan duodenumun dört bölümünün ikincisidir. Bunlar aynı zamanda ince bağırsağın bölümleri olan jejunum ve ileumdur ve kalın bağırsakta çekum, yükselen kolon ve enine kolonun üst üçte ikisindedir.
Midgut'un, on iki parmak bağırsağında, pankreas kanalının ve safra kanalının bulunduğu ve gıdanın kimyasal parçalanmasının gerçekleştiği ikinci bölümde başlandığı kabul edilir. Pylorus'un sadece birkaç inç altına, mideden ince bağırsağa giriş olan bu kanallar, duodenumun inen kısmı olarak bilinen yerlere yerleştirilmiştir. Enzimleri pankreas suyu ve safra yoluyla sağlarlar, karaciğerde üretilirler ve yakındaki safra kesesinde depolanırlar, bu da besinleri makro besin elementlerine böler: karbonhidratlar, yağlar ve proteinler.
Buradan, midgut duodenumun distal veya alt iki kısmından geçer ve ince bağırsağın ortasındaki jejunumun içine girer. Jejunum, oniki parmak bağırsağında serbest bırakılan besin maddelerinin birçoğunun, karbonhidratlardan elde edilen şekerler glikoz ve fruktoz, protein kaynaklı amino asitler ve çeşitli vitaminler ve mineraller de dahil olmak üzere bağırsak duvarındaki epitelyal hücreler arasında emildiği yerdir. Emilmeyen besin maddeleri ve su, ince bağırsağın bir sonraki kısmı olanumla devam eder. Bu, B₁₂ vitamini, yağ asitleri ve gliserol de dahil olmak üzere, sindirilmeyen diğer besin maddelerinin yağ parçalanmasından ve ayrıca safra tuzları gibi sindirim yan ürünlerinden emildiği yerdir.
Midgut'taki jejunumun altında, kalın bağırsağın başlangıcını, sindirim kanalının su, tuz ve diğer birkaç vitaminin emiliminden ve atıkların vücuttan uzaklaştırılmasından sorumlu kısmını işaret eden çekum vardır. Çekumdan aniden yukarı doğru kıvrılma yükselen kolondur, bu daha sonra çapraz kolonu oluşturmak için 90 derecelik ani bir dönüş yapar. Enine kolon, midgutun üst sınırları ile aşağı yukarı aynı seviyededir. Uzunluğunun ilk üçte ikisi midgut'a dahil edilirken, kalan uzunluk dalağa bitişik olan hindgutın başlangıcını oluşturur.
