Sindirim sürecinin iki ana rolü emilim ve sekresyondur. Sindirim sistemindeki emilimin rolü vücut için hayati öneme sahiptir çünkü onsuz, tükettiğimiz vitaminler, mineraller, karbonhidratlar ve diğer besinler kullanılamaz. Emilim, gıdadaki besinlerin kana aktarıldığı işlemdir. Absorpsiyonun büyük bir kısmı sindirim kanalının primer organı olan ince bağırsakta gerçekleşir.
Yiyecekler mideden ince bağırsaklara geçtikten sonra, vücudun kullanması için enerjiye dönüşür. Mukozadaki küçük, kıl benzeri çıkıntılar tarafından emme işlemi gerçekleştirilir. Mukoza, vücudun pasaj ve organlarının belli kısımlarını kaplayan nemli bir dokudur. Vill, sindirilmiş gıdalardan elde edilen besin maddelerinin kan dolaşımına geçebileceği ve vücudun geri kalanına taşınabileceği kanallar olarak işlev görür. Gerçek emme işlemi her besin türü için biraz farklıdır.
Sindirim sistemindeki emilimin büyük çoğunluğu duodenum ve jejeunumda, girişten aşağıya doğru üçte iki oranında yer alan ince bağırsakların spesifik bölümlerinde meydana gelir. Karbonhidratlar, yağlar ve proteinler sindirilir ve emilir ve vücut her birinden en fazla faydalandığını görür. İnce bağırsakta bulunan sindirim enzimleri, bazı yiyecekleri parçalamaktan ve kullanılabilir enerjiye dönüştürmekten sorumludur. Bazı bireyler, belirli besinleri sindirememe ile sonuçlanan spesifik enzimlerden yoksundur. Bazı yiyeceklerin kullanılabilir enerjiye sindirilememesi veya değiştirilememesi, bu besinlerin emilmediği, sindirim sisteminde kaldığı anlamına gelir.
Absorpsiyonun büyük bir kısmı ince bağırsaklarda gerçekleşirken, emilim kalın bağırsak için de önemlidir. İnce bağırsakta emilmeyen yiyeceklerden sindirilmeyen ve faydalı olmayan besinler, kalın bağırsaktan geçer. Organ, suyu ve sodyumu emer ve bir değişim süreci boyunca, sindirilmemiş ve gereksiz besin maddelerini dışkı maddesi olarak salgılanan atık haline getirir.
Dışkı çoğunlukla bakteri ve sindirilmemiş maddelerden oluşan su ile yapılır. Mukus, safra bağlayıcı görevi görür, “normal” dışkı katı bir kompozisyon verir. Fazla sümük, bakteri, sindirilmemiş ve emilmeyen gıdalarla etkileşim, bir virüsün, gıda kaynaklı bakterilerin veya sindirim sorunlarının mevcut olduğunun bir göstergesi olarak işlev görerek bağırsak hareketlerinin bileşimini normalden anormal hale değiştiren şeydir. Vücut bir şekilde sindirim sisteminde emilimi engellerse, mide krampı, bulantı, hazımsızlık ve vitamin eksikliği gibi diğer belirtiler ortaya çıkabilir.
