Nişastaları ve kompleks şekerleri basit şekerlere parçalayan bir enzim olan amilazın yapısı genellikle oldukça basittir, ancak enzim karbonhidratların sindiriminde önemli bir rol oynar. Bu molekülün alfa amilaz ve beta amilaz olarak adlandırılan iki farklı varyasyonu vardır. İnsan vücudunda biri tükrükte diğeri pankreasta olmak üzere iki tür alfa amilaz vardır. Her iki molekül de karbonhidrat sindiriminde önemlidir, çünkü vücut önce şekerleri ve nişastaları önce parçalamadan sindiremez. Beta amilaz insan vücudunda yoktur ve genellikle bitkilerde ve tohumlarda bulunur.
Amilazın türü ve yapısı organizmalar arasında değişebilse de, tüm amilaz moleküllerinin ortak olarak sahip olduğu bazı özellikler vardır. Hem alfa hem de beta amilazlar, enzimin genel şeklinin çoğuna katkıda bulunan bir varil bölgesi adı verilen bir yapı içerir. Enzimlerin hepsi aynı zamanda aktif bölge olarak adlandırılan önemli bir alana sahiptir. Bu, enzimi, parçalamak için kompleks bir şekere veya nişastaya bağlanan kısımdır. Aktif bölgede karbonhidratların parçalanması işlemi, hem aktif bölgede hem de karbonhidrat molekülü üzerinde, birden fazla atom ve iyon grubu arasındaki etkileşimi içerir.
İnsan vücudunda, amilazın yapısı tükürükte veya pankreasta bulunursa da aynıdır. Her iki insan amilaz varyantı, amino asitler adı verilen tek bir yapı bloğu zincirinden oluşan küçük moleküllerdir. Amino asit zinciri, alan adı verilen üç ayrı bölge oluşturur ve her alan, karbonhidrat parçalanmasına yardımcı olan belirli bir biyolojik fonksiyona sahiptir. Bu alanlardan ikisi birbirine sıkıca bağlanırken, üçüncü alan amilazlar arasında önemli ölçüde değişebilir. Benzerliklerine rağmen, tükrük ve pankreas amilazları birbirinin yerine geçemez; pankreas amilazı genellikle tükürük amilazının başladığı işi bitirir.
Amilazın yapısı genellikle basit olsa da, çoğundan çok daha karmaşık olan bazı değişkenler vardır. Çoğu alfa amilazın uzunluğu çok benzer, ancak bazıları üç ortak alandan daha fazla katlanır. Bazı beta amilazlar, biri yerine dört ayrı amino asit zinciri içeren alfa amilazlara göre çok büyüktür. Bu durumda, diğerlerinin çoğundan dört kat daha büyük bir amilaz yapısı oluşturulur. Bilinen birçok gıda ürünü arpa, soya fasulyesi ve tatlı patates gibi bu tür amilazları içerir, ancak amilaz molekülünün büyüklüğü bitkinin besin özelliklerini geliştirmek veya azaltmak için hiçbir şey yapmaz.
