Homoloji, ortak soydan kaynaklanan türler arasındaki benzerlikleri tanımlayan biyolojik bir kavramdır. Bu, evrim çalışmasında merkezi bir fikirdir, çünkü filogenetik ağacın dallanmasını yansıtır. Genel olarak konuşursak, eğer iki tür birçok özellik ve genleri paylaşırsa, nispeten evrimsel zamanlarda, birbirlerinden - yani, belirli bir - türden ayrıldıkları muhtemeldir.
Tüm organizmalar, az sayıda ortak atadan evrimle diğer organizmalarla ilgilidir. Sonuç olarak, homoloji biyolojik dünyada bol miktarda bulunur. Adenozin trifosfat üretmek için oksidasyon kullanma işlemi olan oksidatif fosforilasyon neredeyse evrensel bir biyolojik homolojidir. Süreç en eski organizmalar tarafından kullanılmış ve daha sonra evrimdeki gelişmeler onu değiştirmiştir ancak değiştirmemiştir.
Beyinler, aksine, her organizmada görünmüyor. Onlar sadece hayvanlara ait bir özelliktir. Bütün hayvanların beyni yoktur, ama çoğu vardır. Bir türün beyine sahip olup olmaması evrim ağacındaki konumunun açık bir göstergesidir. Bu zamandan bu yana daha az değişikliğe uğramış bazı organizmaların, en eskilerine benzer beyinleri vardır. Bununla birlikte, bu organizmaların, evrimsel zaman boyunca daha karmaşık olanlar kadar hayatta kaldıklarını ve değiştiğini hatırlamak önemlidir.
Homoloji genellikle analojinin aksine tartışılmaktadır. İki organizma arasındaki her benzerlik ortak evrimsel ataların bir sonucu değildir. İki türün kendilerini belirli bir adaptasyon için elverişli bir ortamda bulması durumunda, bu adaptasyon her iki türde de bağımsız olarak ortaya çıkabilir. Örneğin, opossumlar, karşıt baş parmakları, primatlardan bağımsız olarak geliştirmiştir. Karşılıklı başparmaklar yararlı olduğu için bu sonuç çok şaşırtıcı değil. Evrim tahmin edilemez ve kaotik olduğundan, analoji homolojiden çok daha az yaygındır.
Genetik çalışma, DNA dizileri arasında doğrudan bir karşılaştırma yaparak homoloji kavramını geliştirmiştir. Genetik bilgiyi doğrudan okumak mümkün olmadan önce, bilim insanları fizyolojik gözlemler temelinde homoloji - ve genel olarak taksonomi - hakkında tahmin etmek zorunda kaldılar. Şimdi, farklı organizmalarda bulunan allellerin nispi benzerliği, evrimsel ilişkileriyle ilgili güçlü kanıtlar sağlayabilir. Paylaşılan bir özelliğin homolog mu yoksa benzer mi olduğu konusundaki belirsizlik, DNA incelemesiyle tamamen çözülebilir; İstatistiksel olarak, diziler arasında belirli bir benzerlik seviyesi kendi başına gerçekleşememiştir.
Genetik ayrıca homoloji kavramı içinde alt sınıflamalara duyulan ihtiyacı da yarattı. Ortoloji, türleşme sonucu ortaya çıkan gen benzerliklerini ifade eder. Paraloji, tek bir organizmanın genomunda çoğalmadan kaynaklanan genler arasındaki homolojileri tanımlar. Xenolgy, lateral gen transferinden kaynaklanan homolojinin varlığıdır: örneğin bir virüs veya bilim adamları tarafından iletilen genetik materyal. Xenologous homolojilerinin varlığı, evrim ağacının tamamen tek yönlü bir dallanma fikrini zorlaştırmaktadır.
