Ortalama bir yetişkin insan bedeni, Dünya üzerindeki insan sayısından yaklaşık 1600 kat daha büyük olan yaklaşık 10 13 hücreye sahiptir. İnsan vücudundaki her hücre için, kalın bağırsakta çoğunlukla bakteri olmak üzere yaklaşık on mikroorganizma olduğu tahmin edilmektedir. Bu mümkündür, çünkü tipik bir bakteri hücresinin hacmi, vücut hücrelerinden birinin 1000 katından daha az olabilir.
Bakteriyel vücut florasının yanı sıra, bakteri ile ilgili kıtlıkları nedeniyle daha az bilinmesine rağmen, herkes de mantarlar (çoğunlukla mayalar), protistler ve archaea (çoğunlukla metanojenler) ile kolonize edilir. Makroskopik vücut florası alanında, vücut içinde bulunduğunda, bunlar genellikle tapeworlar gibi zararlı parazitlerdir. Bununla birlikte, bazı insanlar ciltlerinde veya saçlarında, çoğunlukla akarlar biçiminde binlerce makroskopik vücut florasına sahip olabilir. Bilim adamları, insan vücudu dahil, akla gelebilecek her ortama adapte olmuş, dünyada bir milyon akar türü olabileceğine inanıyor.
Bağırsaktaki bakterilerin% 99'u 30-40 türden gelmektedir. Yaygın olarak görülen türler arasında Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus ve Bifidobacterium bulunur . Bakteriyel vücut florası, konakçılarıyla simbiyotik bir ilişki içinde olma eğilimindedir. Bakteriler, başka türlü sindirilemeyecek olan kompleks karbonhidratların sindirilmesine yardımcı olur, bağırsak hücrelerinin büyümesini teşvik eder, patojenik mikropları bastırır, alerjileri önler, enflamatuar barsak hastalığını ve bağışıklık sisteminde önemli rol oynar. Vücut florası ve işgal ettiği vücut, on milyonlarca yıldır birlikte gelişmektedir.
Dışkı kütlesinin yaklaşık% 60'ı bakterilerden oluşur. Dışkıda bulunan bazı bakteriler, geldiği kişiye ve etrafındaki insanlara patojen olabilir. Bu modern hijyen nedeninin bir parçasıdır. Dışkı yoluyla yayılan bakteriler arasında koleraya neden olan bakteri olan E. coli ve Vibrio cholerae bulunur .
