Bir mikrobiyal genom, verilen bir mikropun genetik kodunun tam bir dizisidir. Genomun mikroplardaki boyutu önemli ölçüde değişebilir; Bir organizmanın bitmiş büyüklüğü mutlaka genetik kodunun büyüklüğü üzerinde bir etkiye sahip değildir. Mikroplar son derece uzun bir süredir birliktedir ve sonuç olarak pek çok ilginç tarihsel ve genetik bilgi taşıyan çok büyük ve karmaşık genomlara sahiptir.
Mikroorganizmalar olarak da bilinen mikroplar, sadece mikroskopi yardımı ile görülebilecek kadar küçük canlı organizmalardır. Bazı mikrop örnekleri arasında yeşil algler, bakteri, protistler, archaea, plankton ve bazı mantarlar bulunur. Bu organizmalar, oldukça basit canlı organizmalarından çok daha karmaşık olan başkalarına karmaşıklıkta büyük farklılıklar gösterir. Mikroplar her yerde bulunabilir ve organik malzemelerin parçalanmasına katılmaktan hastalığın taşıyıcı maddelerine kadar çeşitli önemli biyolojik fonksiyonlara sahiptirler.
Genom, herhangi bir organizmanın genetik materyalinin tam setidir. Bir mikrobiyal genom söz konusu olduğunda, bir mikroptan tamamen dizilmiş bir genetik bilgi dizisinden oluşur. Araştırmacılar, mikrobiyal genomu tam olarak sıralayarak, mikrop ve ne yaptığı hakkında daha fazla şey öğrenebilirler. Örneğin, organizmanın evrimsel tarihini izleyebilir ve bunun ve diğerlerinin ortak bir atadan ayrıldığı yeri görebilirler. Aynı şekilde, araştırmacılar bazı DNA dizilerinin spesifik işlevleri hakkında daha fazla şey öğrenmeye başlayabilir ve genomun hangi kısımlarının ne yaptığını bulabilir.
Bakterilerde, mikrobiyal genomun sekanslanması, birçok bakteri plazmit taşıdığı için karmaşıktır. Bir plazmid, bir kromozom üzerinde taşınmayan bir DNA parçasıdır. Bu ekstrachromozomal DNA, bakteri arasında değişebilir ve bazen hangi organizmanın dahil olduğu ve karşılaştığı çevresel baskıya bağlı olarak mikrobiyal genomla bütünleştirilebilir. Bakterilerin genom analizi, plazmidleri tanımlamak için ayrı analizler içerebilir.
Tüm dünyada çok sayıda laboratuvar, mikrobiyal genomlar üzerinde araştırma yapar. Birçok hükümet, kısmen mikroorganizmalar için bilimsel kullanım geliştirmek amacıyla, mikrobiyal genom bilgisini ilerletmek için tasarlanmış gen dizileme projeleri hazırlamıştır. Örneğin, bazı bakterilerin sekanslanması, çevre temizliğinde faydalı olabileceğini ortaya koyarken, plazmidlerin nasıl çalıştığını anlamak, genetik materyali diğer organizmalara yerleştirmek için kullanılabilecek genetik olarak işlenmiş plazmitlerin kullanımına yol açtı.
