Bir çinko parmak, bir çinko iyonuna bağlanan protein içindeki spesifik amino asitlerin oluşturduğu parmak şeklindeki bir protein katıdır. Bu proteinler sıklıkla DNA ve RNA'ya bağlanır, çünkü şekilleri, alanın DNA ve RNA'nın nükleotitleriyle yakın etkileşimine izin verir. Nükleotit bağlanma özellikleri, gen ifadesini düzenlemede ve virüs düzeneğinde işlev görmelerine izin verir.
Birkaç tip çinko parmak yapısı vardır, ancak en yaygın versiyon, proteinlerdeki en yaygın iki ikincil yapı olan ve en az bir çinko iyonunun her iki tarafında bir alfa helis ve bir beta tabakadan oluşur. Alfa sarmalı ve beta levhası, çinko iyonunu azot ve kükürt atomları aracılığıyla koordine eden sistin ve histidin kalıntıları tarafından yerinde tutulur. Çinko parmak DNA'ya ve çevresindeki amino asitlerin, DNA çift sarmalının merkezindeki baz çiftleri ile etkileşimi yoluyla bağlanır. Kompakt bir protein alanıdır ve küçük boyutu, DNA baz çiftleri ile yakın olmasına izin verir.
Bu proteinler canlı organizmalarda en yaygın transkripsiyon faktörleridir. Bir transkripsiyon faktörü, DNA'ya bağlanan ve genetik bilginin RNA'ya transferini kontrol eden bir proteindir. Bu proteinlerin DNA'yı hedeflemesi gerçeği, onları ilgi çeken DNA dizilerini hedeflemek için onları amaca uygun yeniden mühendislik yapmaya aday hale getirmiştir.
Örneğin, bir Çinko Parmak Nükleaz (ZFN), bir sınırlama endonükleazına ya da DNA-yarma enzimine kaynaşmış bir mühendislik çinko parmak bağlama alanına sahip olan sentetik bir proteindir. ZFN, DNA'yı belirli yerlerde kesmek için kullanılabilir ve DNA'nın bölgeye özgü rekombinasyonunu teşvik etmek için yararlı bir araçtır. Yapay çinko parmaklar yapay transkripsiyon faktörleri olarak da kullanılabilir.
Çinko parmak alanları, İnsan İmmun Yetmezliği-1 (HIV-1) virüsünün neokapsid (NC) proteini de dahil olmak üzere bazı viral proteinlerde bulunur. NC çekici bir antiviral hedeftir, çünkü viral düzenek için önemlidir ve yüksek oranda korunmuştur. Virüs replikasyonunu önlemek için spesifik olarak viral ve retroviral proteinlerin çinko parmaklarını hedefleyen inhibitörler kullanılabilir. Bu nitelikteki antiviral bileşiklerin elde edilmesi, aktif bir biyomedikal araştırma alanıdır.
Bu proteinler, hücrelerin normal metabolizmasında önemli roller oynar. Etkili olması için, anti-retroviral bileşikler, özellikle retroviral çinko parmak proteinlerini hedef almalıdır. Bu retroviral proteinler, farklı amino asit dizilerine ve hücresel çinko parmak proteinlerinden yapısal farklılıklara sahiptir, bu nedenle seçici inhibitörlerin elde edilmesi, ulaşılabilir bir amaçtır.
