Moleküler ekoloji, ekolojiyi incelemek ve genetik ve türlerin gelişiminin ekolojik faktörlerden nasıl etkilendiğini araştırmak için, hepsi genetikle ilgili çeşitli uzmanlık alanlarındaki teknikleri ve bilgileri kullanan bir biyoloji dalıdır. Bu çalışmaların odağı genellikle saf laboratuvar araştırmalarından ziyade saha çalışmaları olarak kabul edilir. Moleküler ekolojistler, türler arasındaki çevresel genetik ilişkilerin gelişimini ve çevresel faktörlerin onları nasıl etkileyebileceğini inceler. Ayrıca, türlerin ve türlerin farklılaşmasının evrimsel tarihini ölçmek için genetik çalışma yoluyla elde ettikleri verileri kullanırlar.
Alan araştırması, moleküler ekolojide birkaç nedenden ötürü vurgulanmaktadır. Bunlardan ilki, moleküler ekolojinin kendisinin, genetik ve türlerin gelişiminin ekolojik ve çevresel faktörlerden etkilenme biçiminde dönmesidir. Bir diğer önemli husus, pek çok süjenin, özellikle mikroorganizmaların, laboratuar kültürü ve çalışma için hazır bulunmamasıdır. Tabii ki, moleküler ekoloji tamamen bir alan disiplini değildir ve laboratuarda da çok fazla iş yapılır, ancak arkeoloji bilimi gibi, çok önemli çalışmalar da yapılmaya devam edilir.
Moleküler ekolojinin ana bileşenlerinden biri popülasyon genetiğidir. Bu biyoloji dalı, genetik kodun organizmalar arasında nasıl paylaşıldığını, türlerin birbirleriyle nasıl ilişkilendirildiğini ve çevresel ve ekolojik faktörlerin bireyler arasında aleller adı verilen paylaşılan genetik kod bitlerinin dağılımını ve sıklığını nasıl etkilediğini inceler. Bir organizma popülasyonunun genetiğini inceleyerek, belirli bir türün gelişimi, özelliklerin ve özelliklerin bir popülasyon yoluyla nasıl dağıldığı ve çevrenin mutasyon ve adaptasyonu nasıl etkileyebileceği hakkında çok şey öğrenilebilir.
Moleküler ekoloji alanındaki diğer ana bileşen, popülasyon genetiği ile yakından ilgili olan moleküler filogenetiktir. Moleküler filogenetik, türlerin nasıl ilişkili olduğunu, evrimsel tarihlerini ve yaşamın nasıl geliştiğini belirlemek için organizmaların genetik kodunu inceler. Genetiğin prensipleri, bilim adamlarının türlerin nereden geldiği, ortak atalar ve evrimsel ağaçlar hakkında çok şey öğrenmelerini sağlar. DNA dizilerini incelemek, araştırmacılara, organizmaların evrimsel geçmişine, güçlü bir teleskopun evrenin tarihine dair öngörüldüğü gibi bir pencere açmasını sağlar.
Moleküler ekoloji uzmanları, geleneksel ekolojik sorunları araştırmak ve cevaplamak ve araştırma tekniklerini ve habitat korumalarını iyileştirmenin yollarını bulmak için araştırmalarından elde edilen bilgileri kullanmaya çalışırlar. Türlerin tanımlanması ve sınıflandırılması genellikle moleküler ekolojistler tarafından yapılan genetik çalışmalara dayanarak yapılır, çünkü farklı türler diğer yollarla pozitif tanımlamayı önleyecek kadar benzer olabilir. Moleküler ekolojistler, popülasyonlardaki gen havuzları hakkında veri sağlayarak ve ilgili türler arasında ne kadar ya da geniş ölçüde dağıtılmış genler bulunduğunu da vererek biyolojik çeşitlilik araştırmalarına katkıda bulunabilirler.
