Co je bakteriální umělý chromozom?
Bakteriální umělý chromozom (BAC) je jedním z třídy nástrojů, nazývaných vektory, které mikrobiologové používají k vložení genů do bakterie - obvykle e coli . Vložení genů mění vlastnosti bakterie v procesu zvaném transformace. Vědec může změnit kmen bakterií pomocí BAC, poté porovnat změněné bakterie s nezměněnými kmen, aby zjistil, jakou roli hrají vložené geny v buněčné biologii. Zatímco všechny vektory používají vědci podobným způsobem, BAC je pozoruhodný tím, že je schopen nést mnohem genetičtější materiál než konkurenční nástroje.
V průběhu let vědci vyvinuli řadu různých druhů vektorů pro úpravu genetického složení bakterií. Převážná část z nich je vytvořena modifikací fágů - virů, které infikují pouze bakteriální buňky - nebo strukturami nazývané plazmidy. Bakteriální umělý chromozom je jedním z řady vektorů na bázi plazmidů. Plazmidy jsou volně plovoucí prsteny DNA, které mnozíBakterie obsahují kromě jejich chromozomální DNA. Nejsou považovány za samostatnou formu života, ale přesto se chovají něco jako organismus v organismu: mohou se reprodukovat nezávisle na bakteriích, ve kterých „žijí“.
plasmidy, jako je bakteriální umělý chromozom, se vkládají do bakterií pomocí procesu zvaného elektroporace. Elektroporace zahrnuje narušení buněčné membrány elektrickým šokem, který vytváří dočasné otvory, pomocí kterých mohou být vloženy molekuly. Předchůdci BAC zahrnovali modifikované plazmidy s takovými exotickými jmény jako Cosmid a Fosmid. Tyto často frustrované pokusy o výzkum, protože by mohly nést jen několik desítek tisíc párů DNA báze, dost na to, aby vložily pouze velmi malé geny.
V roce 1992 byl první bakteriální umělý chromozom vytvořen Hiroaki Shizuya, výzkumný pracovník v Kalifornském institututechnologie úpravou plazmidu zvaného F-faktor. Plazmidy F-faktoru se přirozeně používají bakteriemi k přenosu DNA z jedné buňky do druhé během období environmentálního stresu, aby se zvýšila genetická variabilita a pravděpodobnost přežití. Na rozdíl od svých předchůdců by BAC mohl nést velké geny se stovkami tisíc párů DNA nebo několika geny najednou.
Řada velkých knihoven BAC nyní udržuje univerzitní, soukromý průmysl a vládní skupiny. Kromě zkoumaných genů obsahuje mnoho BAC nástrojů, které umožňují snadnější výzkum. Například některé BAC obsahují geny, které mění bakterie modrou nebo způsobují, že je záře, pro snadnější identifikaci. Některé obsahují geny, díky nimž je hostitel odolný vůči určitým protilátkám. Kultury lze čistit jejich propláchnutím dotyčnou protilátkou a zabíjet všechny bakterie s výjimkou těch, které nesou BAC.
Vzhledem k tomu, že se bakterie rychle reprodukují, bakteriální umělý chromozom mAY se také používá k klonování velkého množství konkrétní genetické sekvence pro studium. To umožnilo lepší studium genomů organismů, které v laboratorních podmínkách pomalu nebo nepředvídatelně rostou. Schopnost klonování zrychlila výzkum léčby onemocnění tím, že umožnila rychlejší identifikaci účinných antivirových a antibakteriálních léků. Rovněž umožnila účinnější produkci sekvencí používaných při genetické modifikaci jiných organismů pro výzkum a průmysl.