Hvad er ribosomal RNA-sekventering?
RNA-sekvensbestemmelse af ribosomal ribonukleinsyre er processen til bestemmelse af sekvensindholdet i nukleinsyrerne, der udgør ribosomet. I næsten alle celler er ribosomer makromolekyler, der bygger proteiner for at holde cellen i gang. De består af RNA og en række proteiner, der hjælper RNA med at arbejde mere effektivt. Meget af dette materiale i et ribosom er direkte involveret i proteinopbygning, så bestemmelse af ribosomal RNA-sekventering kan give indsigt i molekylets endelige struktur samt hvordan det fungerer. RNA's funktion og generelle struktur er godt bevaret mellem en række forskellige arter, men den rå sekvens er det ikke, og ændringer i sekvensen kan bruges til at udlede information om ribosomets udvikling.
Uanset om det bruges til bakterielle ribosomer eller for mere komplekse organismer, opnås ribosomal RNA-sekventering på en lignende måde. Når RNA'et først er adskilt fra ribosomet, duplikeres det mange gange, hvorefter det opdeles i små fragmenter, hvis sekvenser let kan identificeres. Disse små sekvensstykker samles derefter igen for at generere den nyligt bestemte sekvens. Opgaven bliver mere kompliceret, efterhånden som en sekvens bliver længere, men processen er stadig relativt let for ribosomalt RNA, som er relativt lille. Der er ingen garanti for, at et første forsøg på ribosomal RNA-sekventering vil være korrekt første gang, så flere forsøg på at verificere datakvaliteten udføres normalt.
Data opnået fra ribosomal RNA-sekventering kan bruges til forskellige formål, men en af de mest almindelige er til bakterieidentifikation. Bakterielt ribosomalt RNA er i høj grad konserveret mellem arter, så sekventering tillader, at de unikke egenskaber ved en art konsolideres til en profil til reference. Denne profil kan bruges til hurtigt og nemt at identificere en bestemt type bakterier, en test, der kan hjælpe med diagnosen og behandlingen af de syge. Med fremkomsten af bedre sekventeringsteknologi er denne tilgang blevet mere almindelig ved diagnoser.
En anden indflydelse, som ribosomal RNA-sekventering kan have på menneskers sundhed, er ved hjælp af design af medicin og medicin. Bakterielle ribosomale RNA-sekvenser har mange sekvenser, der er unikke for bakterier, så målretning af disse regioner med antimikrobiel medicin kan dræbe bakterier uden at være skadelig for mennesker. Ribosomal RNA-sekventeringsdata på egen hånd giver ikke nok data til at skabe medicin, men det giver forskere regioner at fokusere på til fremtidig undersøgelse og medikamentdesign. Medicinske molekyler kan konstrueres, der fastgøres til sekvenserne og deaktiverer ribosomet. En række aktuelle medicin bruger denne teknik til bekæmpelse af sygdom.