Co je to molekulární grafika?

Pojem grafika označuje kresby nebo obrázky, které jsou vytvořeny podle pravidel matematiky. Molekulární označuje molekuly a jejich složky. Jedním z významů molekulární grafiky (MG) je proto studium molekul prostřednictvím vizualizace samotných molekul a jejich součástí. Molekulární grafika také odkazuje na trojrozměrné zobrazení molekul, které jsou vytvořeny za účelem jejich zkoumání a porozumění jejich reakcím během reakcí a interakcí

Molekulární grafika má oproti fyzickým modelům určité výhody. Fyzické modely mohou způsobit problémy, protože struktura je skrytá, existuje falešný dojem flexibility, superpozice je téměř nemožná nebo jsou prostě příliš těžkopádné na práci. Všechny tyto problémy lze překonat pomocí počítačové grafiky.

Jedním z klíčových využití molekulární grafiky je studium proteinů a nukleových kyselin. Výzkumná kolaborace pro strukturní bioinformatiku (RCSB) proteinová datová banka (PDB), ve které jsou experimentálně určené informace o strukturách nukleových kyselin, proteinů a komplexních sestav uloženy pro obecný přístup. K 27. dubnu 2010 bylo v databázi 64 932 struktur. RCSB popularizuje svou funkci pozváním návštěvníků k vytvoření 3D virových modelů na Rutgers University v Rutgers Day. RCSB také sponzoruje experimenty s modelováním proteinů na regionálních vědeckých olympiádách ve Spojených státech. Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) je mezinárodní organizace, do které patří skupiny jako RCSB; PDBe, evropský protějšek; a PDBj, japonský protějšek; patřit.

Další oblastí, ve které je molekulární grafika nesmírně důležitá, je návrh léčiv. Molekulárně-grafický design léčiv - také známý jako počítačově podporovaný design léčiv (CADD), počítačově podporovaný návrh molekul (CAMD) nebo strukturální návrh léčiv (SBDD) - je jedním z klíčových výzkumných zájmů fakulty zapojené do Například specializace Virginie Commonwealth University Medicinal Chemistry ve farmaceutických vědách.

Specializovaný software pro vytváření molekulární grafiky, nazývaný software pro molekulární design , je k dispozici v řadě komerčních balíčků. Existují také konkrétní verze věnované designu léčiv na bázi molekulární grafiky. V designu léčiv je funkce dokování - schopnost připojit zobrazenou molekulu k receptoru - jedním z klíčových atributů, které odlišují software pro návrh léčiva od jiného softwaru pro molekulární design.