Co to jest grafika molekularna?
Termin grafika odnosi się do rysunków lub obrazów tworzonych zgodnie z zasadami matematyki. Molekularne odnosi się do cząsteczek i ich składników. Dlatego jednym ze znaczeń grafiki molekularnej (MG) jest badanie cząsteczek poprzez wizualizację samych cząsteczek i ich części składowych. Grafika molekularna odnosi się również do trójwymiarowych przedstawień cząsteczek, które powstają w celu ich zbadania i zrozumienia ich reakcji podczas reakcji i interakcji
Grafika molekularna ma pewne zalety w stosunku do modeli fizycznych. Modele fizyczne mogą powodować problemy, ponieważ struktura jest zasłonięta, istnieje fałszywe wrażenie elastyczności, nakładanie jest prawie niemożliwe lub są po prostu zbyt skomplikowane, aby z nimi pracować. Wszystkie te problemy można rozwiązać za pomocą grafiki komputerowej.
Jednym z kluczowych zastosowań grafiki molekularnej jest badanie białek i kwasów nukleinowych. Bank danych białek (PDB) Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB), w którym zapisywane są eksperymentalnie informacje o strukturach kwasów nukleinowych, białek i złożonych zespołów dla ogólnego dostępu. Na dzień 27 kwietnia 2010 r. W bazie danych było 64 932 struktur. RCSB popularyzuje swoją funkcję, zapraszając gości do tworzenia modeli wirusów 3D na Rutgers University w Rutgers Day. RCSB sponsoruje również próby modelowania białek na regionalnych olimpiadach naukowych w Stanach Zjednoczonych. Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) to międzynarodowa organizacja, do której grupy takie jak RCSB; PDBe, europejski odpowiednik; i PDBj, japoński odpowiednik; należeć.
Kolejnym obszarem, w którym grafika molekularna jest niezwykle ważna, jest projektowanie farmaceutyków. Projektowanie leków wspomagane grafiką molekularną - znane również jako projektowanie leków wspomagane komputerowo (CADD), wspomagane komputerowo projektowanie molekularne (CAMD) lub projektowanie leków oparte na strukturze (SBDD) - jest jednym z kluczowych zainteresowań badawczych wydziału zajmującego się Virginia Commonwealth University specjalizacja chemia medyczna w programach dla absolwentów nauk farmaceutycznych.
Specjalistyczne oprogramowanie do tworzenia grafiki molekularnej, zwane oprogramowaniem do projektowania molekularnego , jest dostępne w wielu pakietach komercyjnych. Istnieją również konkretne wersje poświęcone projektowaniu leków na podstawie grafiki molekularnej. W projektowaniu leków funkcja dokowania - zdolność do połączenia wyświetlanej cząsteczki z receptorem - jest jednym z kluczowych atrybutów odróżniających oprogramowanie do projektowania leków od innych programów do projektowania molekularnego.