Qu'est-ce que le polymorphisme de longueur de fragment de restriction?
Un polymorphisme de longueur de fragment de restriction, ou RFLP, est une variation des séquences d'ADN homologues. Les polymorphismes sont les variations d'ADN homologue qui se produisent entre individus, tandis que le terme restriction désigne le fait que de petites sections d'ADN peuvent être coupées à partir d'un gros morceau en utilisant des enzymes de restriction. Certaines coupes d’ADN ont plus de variabilité que d’autres, et les coupes présentant un degré élevé de variabilité sont utiles pour l’analyse du polymorphisme de la longueur des fragments de restriction.
Le polymorphisme de la longueur des fragments de restriction repose sur l'activité des endonucléases de restriction. Cette classe d'enzymes se trouve dans de nombreuses espèces bactériennes. Dans une bactérie, le rôle des endonucléases de restriction est de fournir une protection contre l’ADN étranger qui permet l’accès, en le décomposant. En recherche moléculaire, des enzymes de restriction peuvent être utilisées pour fragmenter l'ADN sur des sites de variabilité connus, de sorte que les fragments résultants puissent être analysés.
Chaque type d’enzyme reconnaît une séquence spécifique de paires de bases d’ADN et agit pour cliver la molécule d’ADN à n’importe quel point où il reconnaît la séquence. Les bactéries protègent leur propre ADN des attaques par un motif distinctif de méthylation de l’ADN qui empêche les endonucléases de restriction de se lier. Plus de 800 endonucléases de restriction différentes ont été découvertes, qui reconnaissent ensemble plus de 100 séquences nucléotidiques uniques. La plupart des séquences reconnues ont une longueur comprise entre quatre et six paires de bases.
Les enzymes de restriction sont utilisées en biotechnologie pour analyser le polymorphisme de la longueur des fragments de restriction pour diverses raisons. Les enzymes sont utilisées pour couper des longueurs d’ADN au niveau de certaines séquences afin que les différences entre les individus puissent être examinées. Des solutions d'ADN fragmenté, coupées au niveau de certaines séquences de nucléotides connues, sont hybridées avec des sondes conçues pour détecter des séquences d'ADN prédéfinies. Les échantillons sont ensuite analysés par électrophorèse sur gel. Cette technique produit un gel avec plusieurs bandes de coloration sombre, chacune représentant un fragment d'ADN différent. En examinant le schéma de coloration, les scientifiques peuvent déterminer le schéma des RFLP présents dans un échantillon.
Les polymorphismes sont très répandus dans le génome humain et leur analyse a montré que différents groupes de personnes ont tendance à partager les RFLP en commun. Certains types de RFLP sont communs à des personnes de différents groupes ethniques ou origines géographiques, par exemple, et un lien existe également au sein de groupes familiaux. Cette variation existe dans tout le règne animal, ce qui en fait un outil de recherche utile non seulement pour tracer les origines de l'homme, mais également pour étudier la migration et l'évolution de la faune.
L'analyse des polymorphismes de longueur de fragments de restriction peut fournir des informations utiles à des fins cliniques et médicales. Les sondes de polymorphisme de longueur de fragment de restriction sont utilisées dans les tests de paternité, le diagnostic des maladies héréditaires, la criminalistique et le génotypage. L'analyse des modèles de RFLP dans un génome entier est la base de la détermination de l'empreinte ADN, technique à la base de toutes ces utilisations.